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科学家首绘“植物界大熊猫”中华水韭基因组图谱

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  科学家首绘“植物界大熊猫”中华水韭基因组图谱。 北京农学院、中国农业科学院生物技术研究所团队首次绘制了高质量的中华水韭基因组图谱,这也是报道的首个非种子植物染色体水平组装的四倍体基因组,该研究为进一步解析石松植物的进化和环境适应性以及中华水韭的保护提供了重要基础。

   近日,相关研究以《通过染色体水平四倍体中华水韭基因组揭示石松植物的进化和适应性》为题,发表在学术期刊《千兆科学》上。

   中华水韭。课题组供图

中华水韭基因组图谱。课题组供图

   中华水韭被认为是植物界大熊猫,是我国首批公布的I级重点保护野生植物,同时也是中国特有石松类植物。在所有维管植物类群中,石松类植物的进化史最长,对地球的生物多样性、土壤形成和二氧化碳固定有着重要的影响。然而,与种子植物相比,石松植物的分布面积大大缩小,石松属的几个物种已经濒临灭绝。中华水韭是古老的四倍体(2n = 4x = 44)水生石松植物。中华水韭曾经广泛分布,但现在已经从大部分栖息地消失了。中华水韭的基因组图谱的绘制,对深入理解石松植物的进化及环境适应性,以及对中华水韭的保护有着重要意义。

   此研究结合二代、三代基因组测序和Hi-C数据,组装了包含22条染色体2.13千兆的中华水韭四倍体基因组,其scaffold N50达到86.66兆。通过与近缘二倍体台湾水韭的比较分析,揭示了石松植物四倍体基因组和多倍化的特征以及中华水韭和台湾水韭景天酸代谢途径以及气孔发育的异同。通过与进化上代表性的物种的比较分析,发现中华水韭具有的一些共同的遗传调控特性,如转录调控、脱落酸、细胞分裂素、乙烯、茉莉酸和赤霉素信号通路等。另一方面,也发现了一些参与独角金内酯、水杨酸代谢和胁迫反应(寒冷、干旱、盐度和镉)相关的重要基因,在中华水韭和许多石松植物中丢失。这些发现为研究石松植物的发育及其对逆境胁迫的适应性提供了新的见解,为中华水韭的保护提供了重要的信息。

   据悉,北京农学院为第一完成单位,北京农学院园林学院高级实验师崔金腾和中国农业科学院生物技术研究所客座研究生朱云柯为论文第一作者,中国农业科学院生物技术研究所研究员梁哲为论文通讯作者,北京农学院园林学院本科生沈思仟、王曈昕、崔文文参与了此项研究工作。(来源:中国科学报 温才妃 张丽萍)

   相关论文信息:https://doi.org/10.1093/gigascience/giad079

  
作者:梁哲等 来源:《千兆科学》

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