微生物基因组学研究是进行微生物研究工作的基础，其中对小RNA的注释和功能研究是目前国际上的研究热点。小RNA是指除信使RNA，转运RNA和核糖体RNA之外的一类RNA，在不同生物适应外界环境，精细调节生理过程中扮演了重要角色，但是由于缺少明确的序列特征，使得它的注释和功能研究还比较落后。志贺氏菌引起的细菌性痢疾是世界上的重要传染病之一。在我国，细菌性痢疾的发病率一直高居传染病发病率的前三位。因此，对志贺氏菌进行深入研究有助于加深对它的认识，为寻找针对痢疾有效的预防和控制措施提供依据。但是目前国际上对志贺氏菌的小RNA研究还很落后，及早开始系统性研究有助于我们占得先机。本研究以志贺氏菌福氏2a 301株为模式，拟通过生物信息学与分子生物学相结合的手段，进行小RNA的筛选和鉴定工作，并在此基础之上开展功能研究，建立起一套发现、筛选和鉴定小RNA的整合技术，并应用于肠道致病菌的小RNA研究。

本研究以本课题组在国际上率先完成全基因组测序工作的志贺氏菌福氏2a 301株为模式，通过生物信息学分析与分子生物学实验相结合的手段，进行小RNA和小开放读码框的预测、筛选和鉴定工作。研究中首先在志贺菌中鉴定了64个在其他细菌中发现的小RNA，然后使用生物信息学预测、高密度全基因组芯片分析、RT-PCR和Northern杂交验证相结合的手段，发现9个小RNA，29个候选小开放读码框。本研究提出的方法可在任何一个已知序列的细菌中开展小RNA和小开放读码框预测研究。