在本课题组前期研究发现天然免疫分子TLR2、TLR4在类风湿关节炎发病机制中有重要作用的基础上，采用大规模直接测序的方法对TLR2、TLR4及其信号转导通路上基因重要功能区域内的基因多态性进行全面分析。在山东地区中国汉族人群中，以单核苷酸多态性作为遗传标记，针对TLR、TLR4信号转导途径中的多个基因单核苷酸多态性（SNPs）和可能的单体型区段（Haplotype Blocks），采用病例对照研究设计，通过PCR、DNA测序和扩增受阻突变体系(ARMS)方法进行基因分型；使用phase2.0软件推断和等位特异PCR法相结合的方法进行单体型构建；进而对所得结果进行疾病关联分析。利用生物信息学和分子生物学技术对类风湿关节炎发病的遗传因素进行研究。同时提供普通人群的遗传流行病学资料。

本研究首先针对GWAS数据库进行了生物信息学研究， 采用ingenuity pathways analysis 和R软件对NARAC和WTCCC数据库进行研究，结果显示除HLA外，神经递质通路在RA发病中有重要作用。由于在moicroRNA及天然免疫领域的进展，我们采用候选基因策略，选择TLR信号通路上20个基因,共计108个高选择性SNPs,采用TAQMAN探针、HRM、SYBEgreen、测序法进行基因分型。共纳入300例类风湿关节炎和360例正常对照患者，统计患者的一般状况及其临床资料。分型结果符合H-D平衡。共得出与RA相关SNPs20个，在经过bonferroni校正后，3个SNPs,分别是rs142144857/TLR4, rs5030445/TRAF6 ，rs5030416/TRAF6 与RA有关联，并且在CCP阳性患者组，其突变率高于野生型，与病情进展程度也有关联。本研究显示,TLR信号信号通路在RA发病中有重要作用，其关键分子同时是microRNA的重要靶分子，在RA发病中的遗传学机制，值得进一步研究。