利用PCR、RT-PCR和克隆测序等分子生物学技术，获得眼虫类三大营养类型（吞噬型、光合自养型和腐生型）代表物种的tim和gnd基因的序列和cDNA序列，并结合与眼虫类系统演化关系密切的动基体类和绿藻等的相应已知序列数据进行分子系统学研究。通过对这些由质体（叶绿体）转移到核基因组中的基因的存在与否的调查以及分子系统学分析可探讨眼虫类的系统演化关系，尤其是解决其中几个迄今尚存疑问的关键问题。这种抓住

眼虫是一类处于关键进化地位的原生生物，它的系统演化一直是进化生物学的研究热点之一。种种迹象提示眼虫在与动基体类分化后，其三种营养性（吞噬型，光合自养型和腐生型）类群的分化可能与它们的质体在演化过程中所发生的"得而复失，失而复得"事件具有密切关系。本课题旨在以核基因编码的定位到质体的蛋白基因为分子标记来探讨这三类营养型眼虫的系统演化关系。我们首先获得了三种营养型眼虫定位到胞质（和叶绿体）的磷酸丙糖异构酶（tim）和6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶（gnd）的90%基因编码区和全长cDNA序列，然后结合其它一系列生物中的数据进行了分子系统分析。这两个基因的系统分析结果都表明眼虫与动基体类具有最近的共同祖先；其三种营养型的系统演化关系为：吞噬型眼虫分化最早，光合型应该是在此基础上通过两次内共生最终从绿藻获得质体而演化成现在的种类，而腐生型眼虫则有两条演化路线：一部分由光合型经过脱色演化而来，另一部分直接由吞噬型演化而来。gnd的系统分析特别提示眼虫的质体来自于绿藻的二次内共生，tim的系统分析则提示眼虫在演化历史上可能与红藻有过基因交流。这些结果进一步揭示出了眼虫类的系统发育关系及其与质体演化的关系。