随着基因组学迅速的发展和深入，作为模式动物和海洋经济动物的牡蛎，其基因组连锁作图和基因组学研究近年来也有了明显的进展。进一步工作之一是将与免疫、宿主防御、抗逆性、生长及发育等有关的功能基因或QTLs定位于连锁图上。多态EST标记的发展及其基因组作图研究，可以使人们有效地进行有关基因在基因组的结构分布和相互关系研究，并为鉴定QTLs 和利用分子标记辅助育种（MAS）提供候选基因。因此，本课题拟通过DNA多态分析技术，检测40-60个功能基因的部分多态位点，从而发展出多态的EST 标记（SSCP和SNP）；然后结合微卫星标记，采用家系样品的连锁作图分析，最终将15-25个基因和10-20个微卫星标记定位于AFLP基因组连锁图上，并将之与其它近缘牡蛎连锁图进行初步的基因组比较和进化研究；同时为太平洋牡蛎基因组研究、QTLs作图和遗传改良提供可靠的基因组连锁数据和奠定良好的基础。

多态EST标记的发展及其基因组作图研究，可以使人们有效地进行有关基因在基因组的结构分布和相互关系研究，并为鉴定QTLs 和利用分子标记辅助育种（MAS）提供候选基因。本项目主要利用太平洋牡蛎EST生物信息学数据库，通过下载和SSRhunter进行微卫星序列分析、筛查、引物设计、筛选和优化，开发了51个EST-微卫星标记（EST-SSR），估算了各种遗传多样性参数，等位基因数范围3－11，观察和预期杂合度值范围分别从0.023-0.875和0.113-0.978，表现出高度的多态性；是即将进行的连锁图构建的良好分子标记；一部分还可在巨牡蛎属其它种类进行跨种扩增。同时，进行了华南沿海七种巨蛎属牡蛎种类的PCR-RFLP鉴定研究，利用线粒体16S和COI基因片段PCR扩增产物的内切酶酶切可以一次将7种形态上不易区分的牡蛎鉴别出来。另外，对香港巨牡蛎线粒体基因组全序列进行了分析，基因组重组分析显示香港巨牡蛎/太平洋牡蛎与美洲牡蛎之间的重组距离很大，表明巨蛎属种类间重排程度较高，对认识巨蛎属和双壳类线粒体基因组的基因排序特征、变异和进化提供有益的结果。