细菌整合子对基因尤其是耐药基因在菌间水平传递发挥重要作用，霍乱弧菌携带二百多个基因的超级整合子（SI），不仅仅携带耐药基因，而且大多数基因功能未明。我们对流行以及非致病菌株的比较基因组杂交以及国外初步的研究，发现除去SI的基因组非常稳定，SI的变异极大的影响了霍乱弧菌整体稳定性分析。为研究霍乱弧菌SI微进化和其在霍乱弧菌环境适应中的作用，本研究中，我们拟采用PCR扫描分析不同霍乱流行时期的霍乱弧菌优势血清群/型菌株以及环境分离非产毒株SI的变异，绘制实验菌株的扫描图谱，测定SI中相比较于全测序霍乱菌株的新插入基因；利用基因整合缺失模型比较霍乱弧菌内不同类型整合酶整合、缺失基因盒的能力；分析在不同环境因素包括氧变化、pH、胆盐浓度、温度以及兔肠段内的SI区不同基因转录变化，以研究霍乱弧菌SI在不同菌群间的基因和序列变异与产毒株进化的关联、以及SI基因组成变异与霍乱弧菌环境变化适应性的关系。

细菌整合子对基因尤其是耐药基因在菌间水平传递发挥重要作用，霍乱弧菌携带二百多个基因的超级整合子（SI），不仅携带耐药基因，且大多数基因功能未明。我们对流行以及非流行菌株的比较基因组杂交以及国外初步的研究发现:SI的变异极大地影响了霍乱弧菌整体稳定性分析。为研究霍乱弧菌SI微进化和其在霍乱弧菌环境适应中的作用，采用PCR扫描分析我国不同霍乱流行时期的优势型别的霍乱弧菌，绘制了实验菌株SI的扫描图谱，发现实验菌株SI中大部分基因盒的排列结构具有共线性的特点，但不同流行年代菌株的SI仍具有明显的多样性。多样性的表现形式包括序列插入、替换和缺失。这些变异通过重复序列、VCR之间的重组所介导。同时获得了实验菌株SI中新的基因的信息，新的基因来自不同血清群的霍乱弧菌或者近缘的拟态弧菌，说明霍乱流行中菌株的SI中的基因盒流动持续存在。基于荧光PCR方法的转录组研究结果显示，与在LB培养基中培养相比，在胆盐、AKI培养条件下，SI中少量ORF转录水平出现变化，而M9培养条件下，SI中大部分ORF的转录水平明显升高，其中功能与DNA代谢和脂类代谢相关，可见SI与菌株在低营养状态下的适应性生存密切相关。