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基于转录组学的低级别胶质瘤缺氧微环境的研究

基于转录组学的低级别胶质瘤缺氧微环境的研究
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  • 批准号:81611130223
  • 批准年度: 2016年
  • 学科分类:() |
  • 项目负责人:毛颖
  • 负责人职称:教授
  • 依托单位:复旦大学
  • 资助金额:10万元
  • 项目类别:国际(地区)合作与交流项目
  • 研究期限:2016年04月01日 至 2018年03月31日
  • 中文关键词: 转录组学;级别;胶质瘤;缺氧
  • 英文关键词:Glioma;Microenvironment;Transcriptomics;Tumor infiltrating lymphocytes;Molecular classification

项目摘要

中文摘要

前期研究中,英方合作者通过对WHOII级胶质瘤二代测序数据进行生物信息学矩阵分析,将其按不同基因-预后匹配划分出三组不同的亚型。在这三组亚型中,其中一个亚型预后很差,与胶质母细胞瘤相似,小样本基因分析发现其存在明显的缺氧微环境,并发现E2F4,AR,ETS1等重要转录因子的差异表达。但是,这一结论缺乏良好的临床大数据和组织大样本的验证.由于脑肿瘤的特殊性,英方很难短时间内收集到大量的肿瘤标本。华山医院神经外科年均手术量已超10000台,其中胶质瘤年均1200台以上,并已建成了完善的胶质瘤组织库和临床资料库(包括随访),但在高新技术和大数据处理方面相对薄弱,因此我们拟通过本次合作研究充分发挥双方优势

英文摘要

In the previous study, the UK partner used the bioinformatic technique to analyse the second generation sequencing data of WHO II grade gliomas and divided them into three subtypes according to genes and prognosis difference. One of the subtypes present with poor prognosis, similar to that of glioblastoma, at the same time, obvious hypoxic microenvironment exist through small samples analysis, with some important transcription factors differences, such asE2F4, AR, ETS1. However, this conclusion lack good clinical data and large sample test to further verification. Due to the particularity of brain tumors, it is hard to gather large number of tumor specimens in a short period of time for UK partner. Department of neurosurgery of huashan hospital is strong in terms of clinical study and has built the perfect glioma tissue bank as well as clinical database (including follow-up), but weak in terms of new and high technology as well as big data processing , so we propose to make full use of our respective advantages through this collaborative research and get better results.

结题摘要

中英双方优势联合,英方通过对II、III级胶质瘤进行转录组学RNA测序分析发现,脯氨酸Proline 代谢关键酶PYCR1在IDH1突变胶质瘤中表达升高,解释了IDH1突变胶质瘤其明显改变的氧化还原状态这一现象。同时我们利用中方丰富的临床资源,对220例胶质瘤样本进行分析,以测序为标准,通过改良质谱检验方法,2-HG累积可在37分钟内被检测到,其中质谱上机时间为4.2分钟, IDH突变快速诊断的特异性和敏感性都达100%。同时我们还发现甲基化的CNTFRα低级别胶质瘤预后更好,此预后获益独立于IDH突变。此外,我们还发现了B7H3沉默后可导致细胞周期阻滞,并与E2F1抑制、RB激活有关,并对胶质瘤化疗进行了一定的探索。相关结果已发表基金标注SCI文章3篇,另有一篇文章已被“Cell reports”接受,一篇“Clinical Chemistry”修回中;申请发明专利2项,并已转化;培养博士生4名;课题相关内容获得上海市抗癌协会科技奖一等奖,中国抗癌协会科技奖三等奖,上海市星光计划一等奖。中英双方还实现了多次互访,建立了合作机制和平台,除胶质瘤外就多项课题开展了合作。

评估说明

    国家自然科学基金项目“基于转录组学的低级别胶质瘤缺氧微环境的研究”发布于爱科学iikx,并永久归类于相关科学基金导航中,仅供广大科研工作者查询、学习、选题参考。国科金是根据国家发展科学技术的方针、政策和规划,以及科学技术发展方向,面向全国资助基础研究和应用研究,发挥着促进我国基础研究源头创新的作用。国科金的真正价值在于它能否为科学进步和社会发展带来积极的影响。

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