Cullin4-Ddb1-WD40是最新发现的一类泛素连接酶E3, 其蛋白降解的特异性主要通过WD40蛋白识别下游不同的底物实现的。基于目前国际上对该酶复合物结构和功能的研究进展，我们的研究目标主要集中在阐明DDB1与WD40蛋白之间的相互作用方式。拟通过X-射线晶体学方法获取更多的可与DDB1相互作用的WD40蛋白的三维结构信息，通过结构上的比较和相互作用的计算机模拟，推测相互作用的可能方式，并通过定点突变和相关生化实验进行验证。对于其中有特异性底物的蛋白，可尝试与底物复合物的晶体结构解析。同时，争取获得DDB1与WD40蛋白复合物的三维晶体结构，这是揭示二者如何相互作用最为直接可靠的证据。最终模拟整个泛素连接酶和底物复合物ROC1-Cul4-DDB1-DCAF-Substrate的三维结构，揭示该泛素化过程的基本方式和特异性所在。

Cullin4-DDB1-WD40是最新发现的一类泛素连接酶E3, 其蛋白降解的特异性主要通过WD40蛋白识别下游不同的底物实现的。我们最初的研究目标主要集中在阐明DDB1与WD40蛋白之间的相互作用方式。选定了5种可与DDB1相互作用的WD40蛋白为研究对象，根据初期表达纯化情况确定EED1为研究重点，得到了EED1全长蛋白可衍射的晶体，并根据已知的结构信息，设计了不同部位的EED1蛋白片断（包括N端loop，α螺旋269-281等）和DDB1蛋白不同结构域的交互pull down实验，但结果显示结合能力都很弱。2008年底对项目进行了调整，研究重点集中在“WD40蛋白在表观遗传进程（组蛋白甲基化修饰）中参与的重要作用”。具体研究内容为：EED1参与的组蛋白H3K27甲基化酶复合体PRC2以及WDR5，RbBP5参与的组蛋白H3K4甲基化酶复合体MLL1的结构机理研究。其中MLL1复合体四种组分的表达及组装工作已完成，并解析了其中部分结构亚基的晶体结构；PRC2各组分的表达及组装存在较多困难，但也取得了可喜的进展并积累了不少研究经验。