随着微生物基因组计划的实施，已有多种农作物致病菌基因组序列被测定，但这些植物致病菌中的重要功能基因尚有许多没有被识别。本项目利用生物信息学方法分析严重危害我国蔬菜生产的胡萝卜软腐欧文氏菌基因组，找出其中的必需基因、高表达基因、水平转移基因以及参与病原菌和宿主互作的毒性因子等重要功能基因。在识别必需基因的基础上，我们将提出一个有效指标来预测基因的必需性，并研究必需基因与高表达基因之间的关系。所识别出

本项目应用生物信息学方法分析了严重危害我国蔬菜生产的胡萝卜软腐欧文氏菌基因组，找出了该致病菌中的必需基因、高表达基因、水平转移基因等重要功能基因，预测结果与我们以前分析过的其它植物致病菌相似（Biochem. Biophys. Res. Commun.,2005, 332: 380-387)。并对注释文件中1254个功能未知的假定基因（hypothetical gene）进行了重新识别和功能预测，主要结果如下：1）通过Z曲线方法识别出49个假定基因可能不是蛋白质编码基因，通过主成分分析（PCA）和其它证据支持这一识别结果；2）通过数据库搜索比对（包括BLAST和FASTA）、文献查寻及其它功能预测资源，重新注释出427个假定基因的功能，预测出114个假定基因为膜蛋白，86个为输出蛋白，从而使胡萝卜软腐欧文氏菌中的假定基因数目由1254个减少为578个，极大促进了对这一重要植物致病菌生活史、适应性及致病性的认识。本研究工作不久前刚发表于国际重要期刊FEBS Journal (2008, 275: 198-206)。