中间球海胆养殖过程中普遍存在大小参差不齐的现象，即"生长分化"现象，该现象会伴随着整个养殖过程，甚至会逐渐加剧，给海胆养殖业的发展造成了一定影响。.本项目主要研究中间球海胆生长分化现象的机理，研究内容包括：饵料、环境等竞争因子及代谢率等生理学指标对中间球海胆生长分化的影响；遗传多样性、杂合度等遗传学指标与海胆生长分化现象的关系。研究将探明以上各因素对海胆生长分化现象的影响特点和程度，找出导致中间球海胆生长分化现象的主要原因。在理论研究的基础上，进一步探讨有效缩小海胆个体间差异、建立和培育大小均一化海胆苗种的方法，为中间球海胆的育种学研究提供借鉴，也为海胆增养殖业的健康、快速发展奠定基础。

对中间球海胆人工大面积养殖群体及实验室养殖群体进行了生长分化现象的研究，发现饵料及空间胁迫可以导致海胆出现生长分化，随着饵料和空间胁迫的加剧，海胆生长分化现象越发明显。饵料胁迫导致海胆生长率下降，耗氧率短暂维持后显著下降，排氨率短暂维持后显著上升再阶段性下降并维持在较低水平。对出现分化的海胆大、小个体分别进行了生理指标的测定，发现小个体耗氧率、排氨率均低于大个体。 对出现生长分化的海胆群体进行了遗传学分析，大个体群体的各项遗传学指标均显著高于小个体群体，显示遗传多样性与海胆个体大小呈正相关。筛选出了在大小两组海胆间表现出明显频率差异的43个AFLP标记，其中有29个位点出现极显著差异。频率差异法、一般线性模型分析法及多重比较结果发现四个共显性微卫星位点与海胆壳长、壳高两个生长指标之间均呈显著相关。发现中间球海胆性腺中的主要蛋白- - MYP基因主要在肠中表达，性腺、胃及体腔细胞中也有表达但表达量较低。饵料胁迫之后，肠组织中MYP基因表达量下降，而性腺组织中该基因的表达量稳步增加，体现出海胆适应饵料胁迫时"繁殖优先"的蛋白积累和繁殖保护策略。