主要组织相容性复合物（MHC）具有高度多态性，基于表位肽的基序特征定义MHC分子超型,是研究肽与MHC分子的相互作用机理以及基于抗原表位设计疫苗进行疾病防治的理论基础。目前MHC I分子超型定义相对完善，而MHC II分子超型定义不明确。可以和多个MHC分子结合的表位即泛宿主表位，与一般表位相比包含了更多的生物信息，本研究拟筛选现有表位数据库中的泛宿主表位，建立一个泛宿主病毒表位数据库；根据泛宿主表位与MHC分子的结合特征按照存同求异的原则分类，对相应的差异序列进行比对分析，研究泛宿主性差异产生的序列基础。对MHC II类分子相关泛宿主表位分析寻找更准确定义MHC II分子超型的新方法；对I类分子相关泛宿主表位（简并表位）分析研究表位肽MHC非严格限制性的序列特征，并采用分子动力学实验模拟计算，为表位改造以及预测疾病的易感性提供理论基础。

主要组织相容性复合物（MHC）具有高度多态性，基于表位肽的基序特征定义MHC 分子超型,是研究肽与MHC分子的相互作用机理以及基于抗原表位设计疫苗进行疾病防治的理论基础。目前MHC I 分子超型定义相对完善，而MHC II 分子超型定义不明确。可以和多个MHC 分子结合的表位即泛宿主表位，与一般表位相比包含了更多的生物信息，本研究拟筛选现有表位数据库中的泛宿主表位，建立一个泛宿主病毒表位数据库；根据泛宿主表位与MHC 分子的结合特征按照存同求异的原则分类，对相应的差异序列进行比对分析，研究泛宿主性差异产生的序列基础。对MHC II 类分子相关泛宿主表位分析寻找更准确定义MHC II 分子超型的新方法；对I 类分子相关泛宿主表位（简并表位）分析研究表位肽MHC 非严格限制性的序列特征，并采用分子动力学实验模拟计算，为表位改造以及预测疾病的易感性提供理论基础。