本课题以BALB/C小鼠肺鼠疫为模型，进行系统的病理学观察；研究鼠疫耶尔森氏菌各种调控因子在体内感染过程中的转录动态规律，分析小鼠不同组织在感染过程中转录组变化的特点，初步了解肺鼠疫病程中组织病理学变化与鼠疫菌及宿主特定基因表达之间的有机联系，从宿主－病原菌相互作用的角度探究鼠疫的致病机制；同时利用毒力下降的鼠疫菌突变菌株（crpΔ）进行体内转录组学分析，则可以探究crp基因在鼠疫菌致病过程中的作用，并分析宿主对有毒和减毒菌株应答规律的异同；综合分析病理学观察、病原菌调控因子转录分析、宿主体内转录组学分析所获得的结果，探讨小鼠肺鼠疫发病过程中，组织病理学改变与病原菌调控因子和（或）其调控的基因以及宿主相应基因转录变化之间的联系。

鼠疫耶尔森氏菌(以下简称鼠疫菌)是鼠疫的病原体。鼠疫菌在其传播和致病过程中必须要适应跳蚤前胃以及啮齿动物体内的微环境变化，而这种能力的实现要依靠复杂高效的转录调控系统来协调。本研究共分为四部分，建立了鼠疫菌鼻内感染的小鼠动物模型，并获得了系统的病理学资料，结果显示鼠疫菌感染在宿主体内呈现典型的肺鼠疫发展过程，鼠疫菌感染分为三个时期；利用RT-qPCR技术确定了鼠疫菌重要基因(毒力因子、整体调控因子、转录因子、双组分调控系统、密度感应系统等)在不同感染时期和不同组织内的转录变化，明确了鼠疫菌各调控因子的体内转录水平动态变化及相对体外的转录调节；利用芯片技术研究确定了肺鼠疫感染早期和晚期不同组织内小鼠基因的差异转录；鼠疫菌感染小鼠腹腔内巨噬细胞，利用芯片技术确定了鼠疫菌和小鼠巨噬细胞相互作用的转录谱变化。本研究初步分析了小鼠肺鼠疫发病过程中，组织病理学改变、鼠疫菌基因转录变化和宿主相应基因转录变化之间的相关性；初步探讨了鼠疫菌调控因子在感染过程中发挥的作用及可能参与的致病机制；在转录水平上从宿主（巨噬细胞、小鼠）和病原相互作用的角度探究鼠疫菌的致病机制，为研究鼠疫菌的分子致病机制奠定基础。