本研究以在新疆、内蒙、甘肃、青海、宁夏分布的18个胡杨居群，在新疆分布的6个灰叶胡杨居群为研究对象，依据保护遗传学、分子系统学的理论，利用微卫星DNA标记技术，从整体上比较研究胡杨、灰叶胡杨的遗传多样性水平及其分布状况，分析探讨两物种的遗传变异式样及形成原因和分化机制；应用cpDNA的PCR-RFLP分析手段，比较研究两物种叶绿体DNA的多态性，并共同分析讨论基于核DNA和叶绿体DNA分化揭示的种间、种内居群间的亲缘关系、种内进化及遗传多样性；综合分析并提出两物种遗传多样性保护策略。通过研究，从整体上了解胡杨、灰叶胡杨核DNA、叶绿体DNA分化和变异程度及其遗传多样性分布状况，揭示物种或居群的进化历史，并正确了解两物种种间、种内居群间的亲缘演化关系，为分类和进化研究提供有益的资料，为系统发育、分类系统的建立提供佐证，这对两物种保护策略的制定及进化分类都具重大实践价值和理论意义。

通过SSR标记技术对5个灰叶胡杨和20个胡杨居群的遗传多样性进行评价。灰叶胡杨筛选8对引物对150个样本、胡杨筛选7对引物对600个样本进行标记，POPGENE32数据处理得到以下结论：（1）灰叶胡杨和胡杨在居群水平上多态位点百分率分别为89%、61.17%，表明具有较高水平的遗传多样性。灰叶胡杨和胡杨在居群水平上Nei's基因多样度指数H分别为0.3378、0.4331,Shannon多样性信息指数I分别为0.4908、0.7124；表明遗传多样性较为丰富。胡杨和灰叶胡杨基因分化系数分别为0.1008、0.1999。灰叶胡杨和胡杨的居群间的遗传分化低，遗传变异都主要存在于居群内。（2）灰叶胡杨和胡杨的Nei's 遗传一致度(I) 的范围分别为0.8829-0.9810、0.4873-0.9667,表明灰叶胡杨居群间的相似性较高而胡杨的差一些。依聚类分析，灰叶胡杨和胡杨居群相邻区域或相近海拔高度，相似气候类型的居群聚类时存在聚合趋势，地理距离和遗传距离均不存在相关性。选10对叶绿体和线粒体引物对胡杨、灰叶胡杨检测、测序后得10条序列，在 Genbank中比对二者的同源性为100%。