猪圆环病毒2型(PCV2)是近年来新出现的严重影响养猪业的发展的传染病病原，免疫机制不明是当前抗PCV2感染疫苗研究亟待解决科学问题之一。本课题以PCV1、2编码的Cap蛋白和Rep蛋白为基础，以PCV1、2编码Cap蛋白和Rep蛋白的单克隆抗体为工具，借助噬菌体展示和多肽人工合成技术、体外淋巴细胞增殖和CTL试验，精确鉴定PCV1、2编码Cap蛋白和Rep蛋白的免疫识别表位，验证抗原表位的功能，解析病毒抗原表位与免疫细胞之间识别的关系，为PCV免疫机制和疫苗设计及鉴别诊断研究提供基础数据，研究结果具有重要理论意义。

以原核系统表达的猪圆环病毒Rep蛋白、Cap蛋白为免疫原，生产鉴定并纯化了系列抗PCV2 Rep、PCV2 Cap和PCV1 Rep蛋白的单克隆抗体。利用多肽设计、合成与偶联技术以及上述制备的单克隆抗体工具，确证了Cap蛋白4个关键氨基酸区域。进一步构建PCV2-Cap蛋白短肽，鉴定出PCV2-Cap蛋白的4个可能构象性表位。构建并表达了PCV2-ORF1、ORF3、ORF4真核表达载体，以及PCV2 ORF1、3和4与ORF2的融合表达载体，将这些重组真核表达载体免疫小鼠，比较了不同免疫策略对PCV2 ORF2基因疫苗在小鼠中诱导产生的细胞免疫、体液免疫以及保护效力的影响，证明ORF1、3和4对ORF2没有免疫促进作用，该结论对PCV2基因疫苗的研制具有重要作用。