痢疾是常见和多发的肠道传染病，由痢疾杆菌引起。其中，福氏痢疾杆菌是发展中国家和我国流行的优势菌群，宋内痢疾杆菌是工业化国家流行的优势菌群，两者的多抗药性问题日趋严重，迫切需要发展新型疫苗。深入开展痢疾杆菌膜蛋白复合物的蛋白质组学研究将为抗痢疾疫苗的研制开辟新的途径，而此类研究目前在国际上尚属空白。本课题首次提出把基于碳酸钠碱性孵育法的"鸟枪"蛋白质组学分析方法和多维蓝色非变性凝胶分离系统进行有机结合，全面开展痢疾杆菌膜蛋白复合物的蛋白质组学研究，并着重分析痢疾杆菌膜蛋白复合物的整体构成情况、天然空间拓扑结构以及相应蛋白亚基组成等综合信息，为今后确定靶标蛋白并以此进行合理性药物设计和开发直接诊断工具奠定基础。通过对福氏痢疾杆菌和宋内痢疾杆菌膜蛋白复合物的比较蛋白质组学分析，将有助于我们进一步了解痢疾的发病机理，为通用抗痢疾疫苗的研制提供依据。

痢疾是常见和多发的肠道传染病，由志贺菌引起，目前尚无有效疫苗。本课题首次把基于碳酸钠碱性孵育法的"鸟枪"蛋白质组学分析方法和多维蓝色非变性凝胶分离系统进行有机结合，综合分析志贺菌膜蛋白复合物的整体情况，结果为寻找有效免疫组分奠定基础。重点分析福氏志贺菌小于10 KDa的蛋白质和多肽，经质谱鉴定后发现三个全新的ORFs，它们均位于相应三个已注释读码框的反义链上。在常规基因组注释工作中，像类似结构的小ORF通常都会被剔除出注释库。此项研究成果已发表（Wei C., et al. Proteomics）。进一步通过高通量蛋白基因组学方法和6个读码框数据库对福氏2a志贺菌的全蛋白谱展开研究，结果在蛋白质水平上验证了1041个已注释基因的表达，修正了3个基因的翻译起始位点，纠正了两个序列注释错误，尤为重要的是发现了34个从未被注释的新基因。这种借助多维液相色谱质谱组合体系完善基因组注释的工作尚属首次，可以推广到其它生物体的常规基因组注释工作中去。此项研究内容提示我们由于现行基因预测方法的局限性将无可避免的遗漏一些可能真实存在的ORFs。尤其当研究内容可能涉及新基因或新蛋白质的发现时更不能忽略。