本课题拟在已获得猪杂交亲代与子代和中外猪种肌肉组织差异表达基因的基础上，通过对差异表达基因CKM（骨骼肌能量代谢关键酶）、MLC2（在肌肉发生过程中起着调控重链表达的重要作用）和ITGB1BP2（在肌细胞成熟和组织形成过程中发挥重要作用）启动子的克隆、鉴定、甲基化分析和功能性多态位点筛查，分析启动子区甲基化和功能性多态位点与基因表达和猪经济性状的关系，研究与启动子相结合的转录因子及其调控作用。本课题研究结果不仅对阐明猪肌肉生长、品质性状和杂种优势形成的分子机理具有重要意义；同时，还很可能找到影响猪重要经济性状的功能性多态位点，获得有效的新分子标记。另外，由于CKM、MLC2和ITGB1BP2都是肌肉组织特异表达基因，使得还可利用它们的启动子来构建更有效的基因工程表达载体，强化转基因表达的特异性和稳定性，应用于猪的基因工程、育种工程等领域。因此，开展本课题研究具有重要理论价值和广阔应用前景。

本课题在已获得猪杂交亲代与子代和中外猪种肌肉组织差异表达基因的基础上，通过对差异表达基因CKM（骨骼肌能量代谢关键酶）、MLC2（在肌肉发生过程中起着调控重链表达的重要作用）和ITGB1BP2（在肌细胞成熟和组织形成过程中发挥重要作用）启动子的克隆、鉴定、甲基化分析和功能性多态位点筛查，鉴定了CKM、MLC2和ITGB1BP2的核心启动子区域和转录起始位点以及启动子区不同缺失片段的活性和与启动子相结合的转录因子MEF-2、MyoD的调控作用；研究了不同品种、不同阶段及不同组织启动子区CpG岛甲基化状态以及与基因表达的关系，表明基因表达与CpG甲基化程度呈负相关；分析了启动子区多态位点与猪经济性状的关系以及对基因表达的影响，获得有效分子标记4个。除此之外，还研究了猪肌肉基因表达分析的内参基因以及猪Six1和Pitx2c 基因。到目前为止，申请专利6项，发表SCI收录论文3篇，会议论文2篇，在线发表论文2篇，取得了阶段性的研究成果，达到了预期目标。