小家鼠是一种广布世界、与人共栖的家栖鼠类。对其起源、迁徙进行研究将为人类的起源、迁徙研究提供重要证据。现在国外研究存在争议，国内研究较少。我们对国内12个采集地184号标本进行了初步群体遗传学分析，结果表明，与人类群体相似，小家鼠以长江为界分为南北两个亚群。本项目拟全面收集我国各地区的小家鼠样品，分析其线粒体控制区全序列获得初步系统发育信息、描绘出单倍型进化网络关系并计算不同世系的分化时间。之后，进一步选取代表不同世系的个体进行线粒体基因组全序列测序，构建高分辨率的系统发育树，据此推断我国小家鼠起源分化等群体历史事件。我们还将进行小家鼠Y染色体Sry基因的测序，构建系统发育树。最后，将我们的结果与已有的人类群体遗传学数据进行全面比较分析，探讨中国人群与小家鼠迁移路线的关系。本项目将为哺乳动物群体基因组学及人与家栖鼠类的关系研究开拓新的视角。

用控制区全序列和10个微卫星位点分析中国26个种群的500只小家鼠的样品，首次研究其群体遗传分化、迁徙历史和生物地理过程。461个样品定义145个单倍型，其多样性指数为0.95，核苷酸多样性为0.012。所有单倍型及来自Genbank里周边国家的200个单倍型进行分子系统发育分析。结果表明小家鼠在分为两个线粒体DNA系（南方系和北方系）。且北方系种群的大体扩散方向是从北往南，而南方系是从南往北迁移；分子变异等级分析结果表明主要的分子变异发生在两个线粒体DNA系之间（84.03%）。结合地理分布推断长江是两个线粒体DNA系之间基因交流受限的主要地理障碍。两个系的单倍型歧点分布图呈钟型分布，说明经历了快速的种群扩散。经推算小家鼠在中国北方系的种群扩散时间为16600年前，晚于南方系的20000年前。微卫星分析结果显示平均等位基因数为59.2，期望杂合度为0.710，高于观测杂合度（0.633），核基因构建的个体系统发育关系与线粒体结果相似。小家鼠以长江为界分为南、北方系的系统地理模式、扩散方向和扩散时间与人的起源、迁徙模式和时间非常相似，这暗示人类活动可能对它的种群历史产生重要影响。