生物进化的格局与过程，以及物种分化事件是进化生物学研究的中心议题。DNA测序技术的普及，分子系统学的发展，为深入研究生物类群的系统发育关系，分析生物进化的格局、过程，以及物种分化机制提供了新的、有效的途径。平鳍鳅科是鲤形目的一个独特类群，个体极小，体平扁，主要生活于山溪激流的底层，在我国分化有70多个物种，呈现出较大的多样性，是研究生物进化格局与过程，以及物种分化事件的绝好材料。本项目拟运用PCR扩增和克隆技术，对平鳍鳅科及相关类群线粒体和核基因组的部分基因进行DNA序列测定，重建平鳍鳅科的系统发育关系，结合形态性状比较，分析形态特征的演化过程，澄清平鳍鳅科系统分类、起源及单系性等系统学方面的疑问；运用分子钟假说，估计平鳍鳅科各类群的分歧时间；通过近缘种和种群的谱系生物地理学研究，分析平鳍鳅科物种分化事件发生的过程、规律和机制，探讨平鳍鳅科生物多样性形成的规律，为其生物多样性的保护提供指导

平鳍鳅科是鲤形目的一个独特类群，生活于山溪激流的底层，进化出许多特化性状，是研究生物进化及物种分化的绝好材料。本项目采用线粒体和核基因为分子标记，重建了平鳍鳅科的分子系统发育关系，并对几个代表类群的物种分化事件进行了研究。结果表明：平鳍鳅科是一个单系群，包括两个互为单系的类群：腹吸鳅亚科和平鳍鳅亚科；平鳍鳅科的较多属不能构成单系，而是形成复系，推测这些属的物种在形态上的相似可能是趋同进化所至，同时某些种的分类位置可能需要调整；犁头鳅属中的犁头鳅和同域分布的金沙鳅属鱼类存在线粒体基因的渐渗现象，渐渗的方向是金沙鳅属鱼类向犁头鳅渐渗，基因的杂交渐渗可能有助于提高犁头鳅种群对环境的适合度；犁头鳅属及金沙鳅属中的物种均构成复系，表明这两个属的物种还处于物种分化的早期阶段，属于不完全的谱系分化过程；原缨口鳅属和缨口鳅属均不能分别构成单系群，但若除去纵纹原缨口鳅，缨口鳅类群可以构成一个单系；平舟原缨口鳅（含海南原缨口鳅和浙南原缨口鳅）的生物地理学过程分析表明，珠江和海南岛水系可能在较早的时期（上新世）便与长江和钱塘江水系相分离；分布在台湾的台湾缨口鳅可能是福建的花尾缨口鳅被隔离在台湾后分化形成的。