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与HIV-1感染相关的CCR5-Δ3基因的起源及进化研究

与HIV-1感染相关的CCR5-Δ3基因的起源及进化研究
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  • 批准号:30671146
  • 批准年度: 2006年
  • 学科分类:遗传与变异(C060406) |
  • 项目负责人:陈峰
  • 负责人职称:教授
  • 依托单位:哈尔滨医科大学
  • 资助金额:26万元
  • 项目类别:面上项目
  • 研究期限:2007年01月01日 至 2009年12月31日
  • 中文关键词: HIV-1;感染;CCR5-Δ3;起源;进化
  • 英文关键词:;;origin and evolution;selection pressure

项目摘要

中文摘要

CCR5-Δ32等位基因能显著地抑制HIV-1病毒的感染并推迟AIDS的发生,该突变在欧洲人群和居住在美洲的欧洲移民后裔中广泛存在,而在世界其他人群包括非洲人群中普遍缺失,说明CCR5-Δ32是在现代人类"走出非洲"以后发生的。但CCR5-Δ32是什么时候出现的,又是什么原因造成这个变异频率的增加,一直是人们研究的热点。. 本研究把高加索人群及我国存在CCR5-Δ32等位基因的鄂温克、维吾尔、蒙古、锡伯、哈萨克及达斡尔等少数民族群体作为研究对象,通过PCR、DHPLC、DNA序列分析等方法对CCR5基因及其调控区DNA序列的多态性进行分析,并结合单体型分析,应用生物信息学和统计学方法计算CCR5-Δ32等位基因的分离时间及其可能的选择压力,进而分析CCR5-Δ32等位基因向上述6个少数民族群体的扩散与融合过程。

结题摘要

CCR5-△32缺失频率在不同种族和不同地区人群之间存在较大差异,有研究者认为CCR5-△32缺失是正向选择的结果,但是这个观点在学术界尚存在争议。在本研究中,我们对6个民族的139个个体的CCR5基因内突变位点的分析,对CCR5-△32缺失的进化和起源进行了探讨。首先,我们对6个民族中CCR5-△32的频率进行了分析,然后对CCR5基因进行序列测定。利用DNAStar进行突变筛查,然后对突变位点进行Fst分析、LD分析以及中性检验。结果显示,CCR5-△32缺失在欧洲的French以及Russian人群中频率最高,而在非洲的Yoruba人群中频率为零。通过对测序结果的筛查,除了Δ32缺失之外,我们还发现了31个SNPs、2个插入突变以及一个短串联重复序列。经过Fst分析,我们发现CCR5-△32缺失的Fst值远低于CCR5基因内所有位点的Fst平均值。Haploview分析显示不同群体中CCR5基因内均存在连锁不平衡区域,尽管French的连锁值最高,但是这种高连锁值并不是由于△32缺失引起的。经过中性检验我们也没有发现正向选择的证据。因此我们认为CCR5-△32不是正向选择的结果

评估说明

    国家自然科学基金项目“与HIV-1感染相关的CCR5-Δ3基因的起源及进化研究”发布于爱科学iikx,并永久归类于相关科学基金导航中,仅供广大科研工作者查询、学习、选题参考。国科金是根据国家发展科学技术的方针、政策和规划,以及科学技术发展方向,面向全国资助基础研究和应用研究,发挥着促进我国基础研究源头创新的作用。国科金的真正价值在于它能否为科学进步和社会发展带来积极的影响。

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