以转Bt基因水稻为材料, 采用宏观(群落)和微观(AFLP技术)相结合的方法, 检测转基因稻根分泌物、稻草和稻蔸残茬对土壤动物群落及其代表性优势种和敏感种群基因组DNA多态性的影响；采用ELISA试剂盒测定代表性物种的Bt毒素含量，以探明毒素在食物链各营养级的富集；通过对土壤动物酯酶（EST）同工酶活性和热激蛋白含量的测定，确定土壤残留Bt毒素的胁迫对土壤动物健康的影响；通过比较基因组DNA多态性

以转Bt基因水稻为材料，通过定点、定期系统调查，宏观上全方位检测了Bt水稻对土壤动物和微生物群落结构的影响；微观上应用AFLP和变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术分别研究了Bt水稻对土壤生物优势类群线蚓和细菌的影响。经室内外实验，系统评价了转基因水稻对土壤生态系统的影响。结果表明转基因水稻对土壤动物群落结构的稳定性没有显著影响，而对土壤微生物多样性有明显影响。AFLP研究表明Bt稻田与非Bt稻田中线蚓之间相似性系数为0.6786, 遗传距离为0.3214。Bt稻田中线蚓的DNA多态性发生了改变，进入环境中的Bt毒蛋白对线蚓的遗传多样性有显著影响。DGGE分析表明转Bt和非转Bt稻田中土壤细菌16S rDNA 的PCR 扩增片断约为400-450bp，为16S rDNA V6～V9区特异性片段。两种稻田中细菌的DGGE图谱在条带数目、强度和迁移率方面均存在一定程度差异。在上述实验基础上，提出了转Bt基因水稻生物安全性评价指标体系的框架，为综合评估Bt水稻的生物安全性提供了科学依据，为有关部门能否确立转基因水稻的商业化生产提供了相关信息。