中文摘要
该项目的目标是使用比较基因组方法，参考人类基因组序列及其注释，对2005年发表的0.66X猪基因组序列进行注释，构建基于低覆盖度基因组序列的哺乳动物基因组注释流程。我们开发了一项基于计算生物学方法和手工注释相结合的基因树构建方法（Treefam），和一个用于物种间序列比对的软件（CAT），建立起人与猪基因组中直系同源基因集。并根据这些同源基因，构建猪的全基因组芯片来验证注释的正确性。此外，我们还构建了资源数据库www.piggis.org，存放基因组数据及其注释结果，为猪基因组研究提供丰富的数据资源和良好的前期研究基础。
英文摘要
The goal of this project is to use an advanced comparative genomics approach to annotate the pig survey sequences obtained in the Sino-Danish pig sequencing consortium to fully exploit the wealth of data generated in the project. There are three main tasks of this project: a) catalog human and pig orthologous genes; b) create a virtual whole genome pig array; c) construct a comprehensive database to collect the data and release them to public via a user-friendly web interface. A "Tree Family Database" (TreeFam, http://www.treefam.org) and a "Cross-species alignment tool" (CAT) were built to facilitate the genome annotation based on low coverage genome sequences. Now, the job has been completely finished. The pig database has been created (http://www.piggis.org/) and the paper describing the database has been published in the database issue of Nucleotide Acids Research.
结题摘要
该项目的目标是使用比较基因组方法，参考人类基因组序列及其注释，对2005年发表的0.66X猪基因组序列进行注释，构建基于低覆盖度基因组序列的哺乳动物基因组注释流程。我们开发了一项基于计算生物学方法和手工注释相结合的基因树构建方法（Treefam），和一个用于物种间序列比对的软件（CAT），建立起人与猪基因组中直系同源基因集。并根据这些同源基因，构建猪的全基因组芯片来验证注释的正确性。此外，我们还构建了资源数据库www.piggis.org，存放基因组数据及其注释结果，为猪基因组研究提供丰富的数据资源和良好的前期研究基础。