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中国人群急性白血病IKZF1及ARID5B基因区域的精细作图研究

中国人群急性白血病IKZF1及ARID5B基因区域的精细作图研究
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  • 批准号:81402739
  • 批准年度: 2014年
  • 学科分类:非传染病流行病学(H2610) |
  • 项目负责人:曹松玉
  • 负责人职称:助理研究员
  • 依托单位:南京医科大学
  • 资助金额:23万元
  • 项目类别:青年科学基金项目
  • 研究期限:2015年01月01日 至 2017年12月31日
  • 中文关键词: 急性白血病;IKZF1;ARID5B;精细;作图
  • 英文关键词:Acute Leukemia;Target Sequence Capture;Next Generation Sequencing;Fine-mapping

项目摘要

中文摘要

急性白血病是累及造血干细胞的血液系统恶性肿瘤,对人民健康造成严重威胁。目前急性白血病全基因组关联研究(Genome-wide association study, GWAS)取得了重要进展,多个GWAS共同发现了两个急性白血病的易感基因(IKZF1和ARID5B),且验证研究显示这两个基因的SNP位点能影响不同种族(欧洲、亚洲、非洲等)、不同亚型(ALL、AML)急性白血病的发病风险。本研究拟在中国人群中,采用两阶段的病例-对照研究设计,结合目标序列捕获和二代测序技术,对IKZF1及ARID5B基因区域进行精细作图(Fine-mapping)研究,同时分析基因-环境(电离辐射、有机溶剂、用药史等)交互作用在急性白血病发生中的影响,另外对关联分析阳性的位点进行功能学研究,以阐明上述基因影响急性白血病发生的分子机制。

英文摘要

Acute leukemia is one of the malignancy of the hemopoietic organs, and it seriously harms to the health. In recent years, great progress has been made on the genome-wide association study (GWAS) of acute leukemia, and several GWASs all found that IKZF1 and ARID5B genes could affect acute leukemia susceptibility. The subsequent confirmative studies showed that SNPs from these two gene regions could affect the risk of acute leukemia in multiracial population (European, Asian, African) and of different subtypes (ALL, AML). In the present study, with a two-stage case-control design, we prepare to perform a fine-mapping study of IKZF1 and ARID5B gene regions in Chinese population, by using the technologies of target sequence capture and next generation sequence. Besides, the interactions of these genes and some environmental exposures, such as ionizing radiation, benzene, and medication history, will be analyzed. Furthermore, for the SNPs that achieve the level of statistical significance in association study, we would perform some functional experiments to clarify the biological function of them.

结题摘要

2009年两个关于欧美人群急性白血病的GWAS同时发现,IKZF1与ARID5B基因上的SNP位点可以影响急性白血病易感性。然而,GWAS发现的易感位点均位于非编码区,提示它们可作为急性白血病潜在的易感标志物,而真正的致病位点尚不明确;且由于遗传背景的差异,欧美人群发现的易感标志物并不能直接用于中国人群。因此,本课题将欧美人群GWAS结果在中国人群中进行验证,并对IKZF1与ARID5B基因区域进行了精细作图,以确定中国人群急性白血病在IKZF1及ARID5B基因上的遗传标志物及其相应的效应。通过对欧美人群GWAS发现的全部17个SNP位点在中国人群中直接验证,发现其中4个SNP位点(rs2191566、rs10873876、rs9290663、rs11155133)能影响中国人群急性白血病发病风险,并且rs9290663与年龄因素在白血病的发生过程中存在交互作用。随后,对IKZF1和ARID5B基因进行精细作图发现,rs11761922和rs4509706能影响中国人群急性白血病的遗传易感性。进一步双荧光素酶报告基因显示,这两个SNP位点的突变基因型能显著增加荧光素酶的表达,提示rs11761922和rs4509706可能参与相关基因的转录调节,从而影响急性白血病的发病风险。本研究为中国人群急性白血病遗传模型构建和评价提供了可靠的人群证据。

评估说明

    国家自然科学基金项目“中国人群急性白血病IKZF1及ARID5B基因区域的精细作图研究”发布于爱科学iikx,并永久归类于相关科学基金导航中,仅供广大科研工作者查询、学习、选题参考。国科金是根据国家发展科学技术的方针、政策和规划,以及科学技术发展方向,面向全国资助基础研究和应用研究,发挥着促进我国基础研究源头创新的作用。国科金的真正价值在于它能否为科学进步和社会发展带来积极的影响。

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