生物进化的研究体现在两个层次上：微进化（microevolution）和宏进化（macroevolution）。宏进化研究侧重于观察大的时间尺度下的生物性状变异；而微进化指的是种内或近缘物种之间的进化,是生物变异的源头和适应环境的基础。微进化研究着重于基因对性状的影响，以及选择对基因变异的作用。微进化中适应性表型的变异通常具有可明确阐明的分子与遗传基础，可以追溯其发生发展的过程，有规律可循，因此是生物学领域关注的焦点之一。本重大研究计划建议通过分析微进化过程中表型变异生物的基因组及转录组，阐明复杂表型变异的遗传机制，以期建立遗传变异与表型变异之间的相互关系，使进化理论奠定在更坚实的遗传学基础上，推动进化理论的进一步发展与完善。

There are two layers of evolutionary processes, those that happened at the macro-level (i.e. macroevolution) and those that happened at the micro-level (i.e. microevolution, e.g. at the molecular level). The macroevolution emphasizes on the evolution between species resulting from the long term evolution, while microevolution focuses on the polymorphism within populations, on their fitness consequences and contributions to the organismal phenotypes. Adaptive changes happened during microevolutionary processes often provide explicit underpinnings of the favorable phenotypic traits and might elucidate the genetic basis of complex phenotypes. They are the major focus of evolutionary biology. This research proposal plans to characterize the genomic and transcriptomic differences between phenotypically diverse individuals, aiming to address the genetic basis of complex phenotypic evolution and understand the relationships between genetic variations and phenotypic differentiation. The advances in this work will allow a more detailed description of the evolutionary theory constructed upon molecular genetics and help facilitate the evolutionary theory to a much higher level.

本项目在2015、2016两年中，由基金委主办，中国科学院北京基因组研究所承办组织了五次中期评估准备会，壹次项目遴选会、两次集成项目评审会、不同集成方向两次研讨会、两次项目年度交流暨学术研讨会及专家组会议。在2015年10月基金委组织的中期考核中，本项目考核成绩优秀。评审会由指导专家组成员和特邀的国内知名学者担当项目评审委员。评审们秉承公平公正的原则，按照重大研究计划的指导思想和项目指南，选出优秀的项目给予支持。2016年1月4-7日，在南京组织召开了2015年度交流暨学术研讨会，此次年度交流会促进了项目负责人与指导专家之间的学术交流，给微进化领域的研究人员提供了一个交流和讨论的机会。2016年12月6-9日，在广州组织召开了2016年度交流暨学术研讨会，本次学术研讨会还邀请了4位“微进化”领域海外优秀专家分别从不同方面做精彩专题报告。指导专家组认真听取各项目负责人报告后，对各项目的研究进展发表了指导性的意见，并提出了有针对性的建议。