草鱼是我国重要的水产养殖品种，养殖病害严重制约着草鱼养殖业的发展，抗病机制研究和抗病品种培育是亟待研究的课题。基于前期研究基础，本项目拟选择三个具代表性的草鱼出血病抗性相关基因进行深入的基因功能研究，通过构建草鱼等位基因研究模型，验证和评估抗性基因的抗病育种功能，克隆并比较抗性基因不同等位基因的结构差异，阐明等位基因功能差异的分子生物学基础；运用高通量DNA测序技术和生物信息学分析方法，对各基因型群体免疫组织及细胞的转录组进行比较研究，解析抗性基因在免疫组织和细胞中的网络调控机制，为揭示草鱼抗病的分子机理、建立抗病分子育种技术体系奠定基础。

草鱼是我国重要的淡水养殖鱼类，也是世界范围内最重要的淡水养殖品种之一，其产量约占全球淡水养殖总量的16%。草鱼作为鲤科鱼类的代表性物种，其全基因组序列的解析，将为鱼类重要经济性状相关基因的发掘和养殖品种的遗传改良提供关键技术支撑。项目执行期间本研究团队牵头完成了草鱼全基因组序列图谱绘制，获得雌性（0.9 GB）和雄性（1.07 GB）草鱼基因组组装序列,并在雌性草鱼基因组中注释了27,263个蛋白编码基因。以此为基础进行了GCRV感染前后的转录组比较分析，筛选到296个GCRV感染过程相关基因；通过存活/死亡群体中的等位基因频率比较分析，获得8个候选出血病抗性基因；在底盘家系L66中的基因型与抗病表型的关联分析中发现g094基因与抗病表型显著相关，其中TAG/TAG携带者的抗病力达到51.7%。获得TAG/TAG的纯合家系后，与对照组同时进行GCRV毒饵投喂攻毒，发现TAG/TAG全同胞群体的存活率为42.6%，对照组的存活率仅13.1%，由此对基因型模块携带者的存活率进行了更为确切的试验验证，为抗病草鱼品种（系）的设计培育提供了进一步的理论基础。