中国水牛的起源与驯化、中国水牛(沼泽型水牛)与亚洲水牛(江河型水牛)的进化关系一直是争论的热点。而线粒体标记只能说明水牛的母系起源。本项目针对水牛起源进化缺少来自常染色体的分子证据这一科学问题，以24个中国水牛类群和2个江河型水牛品种为研究对象，利用PCR、克隆测序和生物信息学分析技术，检测水牛内源性逆转录病毒β3、γ4、γ7和γ9的5'LTR和3'LTR插入多态和pro/pol 基因多态性，分析其单倍型、遗传多样性、迁徙路线与基因流向及分子进化特征，探讨中国水牛的起源与进化，为中国水牛与亚洲水牛的起源进化关系提供新的分子证据。

为了进一步了解家养水牛的起源与遗传多样性，本项目对8个中国地方水牛类群的155个个体的内源性逆转录病毒基因家族的β3、γ4、γ7和γ9基因的pro/pol片段进行了分析。8个中国地方水牛155个个体ERV基因家族的β3、γ4、γ7和γ9基因的pro/pol片段分别有18、20、15和27种单倍型，平均单倍型多样性为0.927，平均核苷酸多样性为0.088，说明中国地方水牛存在丰富的遗传多样性。中国地方水牛ERV基因家族的β3、γ4、γ7和γ9基因的pro/pol片段单倍型均聚为2个支系（支系A和支系B），这与利用mtDNA D-loop和cyt B基因研究结果一致。本研究首次应用ERV基因家族的β3、γ4、γ7和γ9基因的pro/pol片段从核基因的角度证明了中国地方水牛主要存在2个起源。