利用下一代测序技术对收集的具有广泛代表性的玉米和水稻多样性材料各500份进行分析，获得高密度的分子标记,同时这些材料在多年多点进行田间试验和室内分析获得大量表型数据，利用全基因组关联分析寻找控制玉米和水稻重要数量性状的基因和位点，并分析其功能，通过比较分析，解析这些重要数量性状的遗传学基础，为作物遗传改良和分子育种提供有益信息和理论支持。

在建立玉米关联分析群体的基础上，利用RNA-Seq的思路获得高密分析标记，对玉米籽粒油份、代谢等成分进行了遗传剖析，提出“微效多基因的累加是高油玉米的成因”的学术观点。发展了一种的新的关联分析方法AD-test。率先实现植物单细胞的全基因组测序，并基于此利用玉米四分体解析了玉米重组机制。利用多重组学的数据分析认为转录水平的调控对玉米的适应的更加重要的观点。建立了水稻全基因组关联分析平台，发布了RiceVarMap水稻基因组序列变异数据库。系统鉴定了水稻改良过程中的育种印迹，为进一步改良水稻提供了重要靶点。率先开展了水稻“非必需基因组”研究，所获结果加深了人们对水稻非必需基因组的认识，并为以后水稻功能基因组研究提供了更完备的候选基因信息。利用该项目的资助，课题组在Nature Genetics, Nature Communications, the Plant Cell, PNAS, Genome Biology 等主流期刊发表论文11篇。项目负责人2015年获得国家杰出青年科学基金资助。圆满完成各项任务。