新疆特殊的地形和气候条件造就了丰富的野生羊肚菌资源，羊肚菌风味独特，具有较高的营养和药用价值，是世界公认的一类珍贵、稀有食药用真菌。目前对新疆野生羊肚菌的研究主要集中在分布、形态、营养成分分析等方面；加之近年来由于过度采集、生境退化等原因导致野生资源正逐年减少，遗传多样性受到严重破坏，但相关的研究几乎为空白；同时，由于人工驯化技术的滞后，使之很容易成为濒危品种。本项目拟以新疆野生羊肚菌为研究对象，重点开展种质资源调查和收集，进而利用简单重复序列区间扩增技术对其遗传多样性特性进行分析，揭示野生羊肚菌种质资源遗传多样性状况及其品种的遗传背景和结构；探索其种间的亲缘关系；同时对发生地的气温、土温、土壤营养等环境要素进行深入研究，掌握其生态环境特征。项目的完成将为新疆野生羊肚菌资源的保护和可持续利用积累必要的基础生物学资料，也为新疆羊肚菌良种选育提供科学依据，具有重要的理论价值和潜在的应用前景。

新疆特殊的地形和气候条件孕育了丰富的野生羊肚菌资源，其在发挥保护森林、草原等生态效益的同时，也为新疆食用菌产业的可持续发展提供了重要保障，是新疆珍贵真菌资源宝库中典型代表种之一。由于自然产量有限，加之过度采集、人工栽培技术滞后等原因导致资源量正逐年减少，遗传多样性受到严重破坏，但相关研究却甚少。本研究通过实地调查，发现新疆野生羊肚菌具有多样化的生态特点，不仅具有物种分布的地域性，也存在一定的生态位保守现象。基于此，在资源调查和收集的基础上，首先通过形态分类方法将其分为黑色羊肚菌和黄色羊肚菌，随后基于rDNA- ITS序列证明新疆野生羊肚菌物种多样性。在此基础上借助多基因联合分析法对部分野生羊肚菌样品进行了系统发育分析，证明新疆黑色羊肚菌类群由Mel-19, Mel-31, Mel-13, Mel-33 和 Mel-2 构成；黄色羊肚菌类群由 Mes-17 和 Mes-6 构成。其中，分布于新疆塔城地区的 Mel-2 及分布于新疆霍城县的 Mes-17 为中国新纪录种。ISSR标记技术对25个自然居群共190个个体的遗传多样性及居群遗传结构的研究显示，13条ISSR引物共检测到118个位点，其中多态性位点116个，多态位点百分率（PPB）为98.31%，Nei’s基因多样性（H）为0.2404，Shannos’s多样性信息指数（Hsp）为0.3793，表明羊肚菌属在物种水平表现出较高的遗传多样性。而在居群水平上，各个居群的多态位点百分率（PPB）平均为41.99%，Nei’s基因多样性（H）为0.1527，Shannos’s多样性信息指数（Hsp）平均为0.2279，居群水平遗传多样性较低。羊肚菌居群存在一定程度的遗传分化（Gst=0.3718），居群间的遗传变异占总变异的37.18%，居群内遗传变异占62.82%，遗传变异主要存在于居群内部。基因流（Nm）为0.8447，小于1.0，进一步证实野生羊肚菌居群存在一定程度的遗传分化。研究结果不仅了解和掌握新疆野生羊肚菌生态环境特征，也明确了新疆野生羊肚菌物种多样性特点，揭示了遗传多样性现状和结构、种间的亲缘关系，为新疆野生羊肚菌保护和合理利用提供科学技术支持，具有重要的理论和现实意义。