湖泊是酵母菌重要的栖息地之一,但对云南高原湖泊中酵母菌多样性、酵母菌多样性与湖泊中环境因子（生物与非生物因子）的相关性、酵母菌的生理代谢特性等，没有系统的研究报道。针对上述问题，拟采用现代酵母菌分类学、生态学方法，系统研究云南九大高原湖泊酵母菌多样性，分析酵母菌在不同水系高原湖泊中的物种/类群组成、分布特点与规律，对潜在新类群进行系统学研究；同时，系统分析湖泊代表性样点样品（水、沉积物）理化特性，并收集与记录湖泊水体区域气候信息，应用生态因子综合分析方法，分析高原湖泊酵母菌多样性与环境因子的相关性，进而探讨酵母菌在高原湖泊生态系统中的功能；此外，对所获得的酵母菌进行活性评价（如胞外酶、类胡萝卜素及类菌胞素）。开展上述研究，不仅为云南高原湖泊微生物资源的研究、保护、开发与利用奠定理论基础，而且为云南乃至全国生物技术产业的发展提供菌种资源。

“云南九大高原湖泊酵母菌多样性的研究”项目于2012年1月启动，旨在分析酵母菌在不同水系高原湖泊中的物种/类群组成、分布特点与规律，对潜在新类群进行系统的研究；系统分析湖泊代表性样点样品的理化特性，并收集与记录湖泊水体区域气候信息，应用生态因子综合分析方法，分析高原湖泊酵母菌多样性与环境因子的相关性，进而探讨酵母菌在高原湖泊生态系统中的功能；对所获得的酵母菌进行活性评价（如胞外酶、类胡萝卜素及mycosporines）。经过四年的努力，该项目系统地对云南九大高原湖泊酵母菌多样性进行了研究，从湖水、沉积物及周边环境共收集到酵母菌3400余株，拨冗后冻干保存了其中的3000余株，这些菌株分属于54个属207个种（其中包括15个潜在新类群）。担子菌酵母是九个湖泊湖水和沉积物中的优势类群（占195个种的52.31%），其次是子囊菌酵母（42.56%）和类酵母（5.13%）。担子菌酵母Cryptococcus albidus、Rhodotorula mucilaginosa和类酵母Aureobasidium pullulans这三个种是云南九大高原湖泊湖水中的优势种；出现频率超过50%的担子菌酵母14个种，子囊菌酵母5个种。此外，仅在湖水中出现一次的种：担子菌酵母38个、子囊菌酵母46个和类酵母 5个。Cryptococcus albidus 、Rhodotorula mucilaginosa Aureobasidium pullulans也是湖泊、冰川和海洋中的优势种。云南九大湖泊的每个湖都有其独特的种，表现出丰富的多样性。收集与记录了湖泊水体区域气候信息和测定了云南九大高原湖泊湖水样品的理化因子，结果发现电导率对酵母菌数量影响最大，其次总硬度和总有机碳；主成分分析（PCA）结果，pH值、总硬度、总有机碳（TOC）和总磷是影响酵母类群分布的主要因子。酵母菌种群分布与水质密切相关，子囊菌酵母的种随着湖泊污染的程度而增加。上述酵母菌菌株活性评价结果显示：湖泊中存在着大量的产胞外酶、类胡萝卜素、油脂的活性菌株，值得进一步的研究；同时也说明酵母菌在湖泊生态系统中起着重要的作用。本项目已经发表研究论文7篇，包括有效发表新类群一个;培养研究生4人，访问学者2人和1名在读博士。上述研究工作的完成，为水生微生物的研究奠定了基础，并有利于云南酵母资源的开发利用和国内生物技术产业的发展。