中国本地黄牛品种和外国专门化肉用牛品种相比各具优势与不足，为改良我国本地黄牛品种提供了素材和方向。本研究以目前学术界公认的胎儿时期是牛骨骼肌发育的关键时期为理论依据，利用RNA测序技术，构建西门塔尔牛和鲁西牛胎儿不同时间点的数字基因表达谱，比较两品种间在主要时间点的基因差异表达特征，比较骨骼肌发育的基因调控网络差异，筛选重要的节点基因。以差异基因为研究对象，在细胞水平上验证其生物学功能，在群体水平上与肉牛重要经济性状关联。阐述西门塔尔牛和鲁西牛胎儿骨骼肌发育差异的分子机制，进而揭示中外肉牛品种产肉性能表型差异的遗传学基础，为我国肉牛育种提供理论基础。

本研究以鲁西牛和西门塔尔牛为研究对象，通过采集妊娠140天胎儿的背最长肌组织样品，提取RNA并进行转录组测序，通过数据分析比较了两个品种间转录组的差异。与鲁西牛胎儿相比，西门塔尔牛雄性、雌性胎儿分别发现上调基因2195个和2445个，下调基因7313个和7586个。其中重叠的上调基因1703个，下调基因6096个。通过对所得的7799个差异表达基因进行GO分析，结果发现5794个基因可以在细胞组成、5545个基因在分子功能、5349个基因在生物过程中找到注释。对差异表达共有基因进行了KEGG通路分析，发现共涉及40个差异显著的通路，包括氧化磷酸化通路、代谢通路、Wnt 信号通路等。