本群体以农业微生物学国家重点实验室为依托，围绕"动物重要病原分子生物学与致病机理"重大科学问题，形成了病原生态学与分子流行病学，病原功能基因组与网络调控，病原致病分子机理，病原免疫反应及免疫逃避机制四个研究方向。2007年入选教育部创新团队。现有中国工程院院士1名，"千人计划"特聘教授1名，杰出青年基金获得者1名，楚天学者特聘/讲座教授2名，教育部新世纪优秀人才5人。近5年发表论文228篇（SCI文145篇），获国家科技进步二等奖1项，湖北科技进步一等奖2项，新兽药注册证书15项，发明专利22项。未来三年，群体将继续围绕四个方向，重点开展结核分枝杆菌、猪链球菌等病原菌在动物和人中流行与跨种传播机制，功能基因组与网络调控机制，蓝耳病病毒、狂犬病病毒等病原致病与免疫机理研究，稳定并加强群体在国内同行中的领先水平，并在结核分枝杆菌蛋白互作与网络调控，狂犬病的免疫与致病机理等领域达到国际领先水平。

“动物重要病原分子生物学与致病机理”创新研究群体以结核病为研究对象，在前一个资助周期的基础上，近三年来开展了病原学与流行病学、病原与宿主互作网络及调控、耐药新机制及新药筛选、基因缺失突变株以及诊断试剂的研制与应用。取得了以下主要结果：1.检测了6974头牛和241只猕猴，结核阳性率为8.2%和20.8%，分离鉴定分枝杆菌70株。通过测序发现人型菌可能因phoP等关键基因突变导致其对牛致病性增强。该成果对有效控制人结核和牛结核提供了重要理论依据。2. 发现了结核菌逃逸宿主营养制约和胞内存活的新机制；开发了新的酵母双杂交体系，验证了结核分菌分泌及膜蛋白与宿主自噬蛋白的精细互作网络；系统解析了结核菌在入侵巨噬细胞后，细胞基因组在DNA甲基化修饰、组蛋白修饰、染色质构象和基因组三维结构等表观遗传的变化；开展了结核分枝杆菌与宿主非编码RNA互作机制研究。3.发现四个调控耐药机制，鉴定了相关调控因子；从天然化合物库和多肽库中筛选到具有抗结核菌的活性化合物和多肽，为抗结核新药研发奠定了基础。4.利用同源重组技术与CRISPR-Cas10技术构建了多株毒力基因单缺失菌株及三基因缺失菌株等突变株，为基因缺失疫苗的构建奠定了基础。5.发现了一批新的诊断标识，申报了“牛结核病ELISAγ干扰素检测试剂盒”，制定了《牛结核病诊断体外检测γ干扰素法》国家标准。6. 过去三年，本群体还针对重要的人畜共患病与动物重大传染病开展了研究工作。3年共发表SCI论文105篇，其中15篇与结核直接相关，包括Nucleic Acids Res、Mol Microbiol、Nat Commun等权威杂志，另有2篇文章投稿Nature Genetics等杂志并修回中。获国家科技进步二等奖1项，湖北省科技进步一等奖2项，获得授权专利10项，正在申请4项，获得新兽药证书2项。7.人才队伍建设取得积极进展，三年来新增长江学者特聘教授1人，国家“万人计划”科技创新领军人才2人，入选“农业科研杰出人才”2人，新增国家优秀青年基金获得者2人，青年长江学者1人，“万人计划”青年拔尖人才1人，获得湖北省杰青资助2人。