文昌鱼在进化上的特殊地位，使其成为生命科学研究中的重要模式动物。我国文昌鱼资源丰富，特别是最早发现于厦门的白氏文昌鱼，是目前用于进化发育和基因功能与表达研究中最多的文昌鱼物种之一。然而这种文昌鱼的分类学问题还没有真正地解决，在Branchiostoma belcheri这一种名下实际上包含多少不同的物种？在我国广阔的沿海到底有多少种文昌鱼？这不仅是动物分类学本身需要解决的问题，对以文昌鱼为材料研究其它一些生命活动规律的学科同样十分重要。本项目将采集我国沿海各地的文昌鱼，特别是已知种类最多的台湾海峡地区的样品，同时用形态学方法、mtDNA分子标记和AFLP技术对我国文昌鱼科动物进行系统的分类学和分子系统学研究，澄清文昌鱼科动物一些分类学问题，并建立文昌鱼物种鉴定的分子标记方法、文昌鱼分类数据库和DNA序列数据库，供以文昌鱼为研究对象的科研人员对其所用的实验动物鉴定时参考。

文昌鱼进化地位特殊，已成为生命科学研究中的重要模式动物。我国文昌鱼资源丰富，最早发现于厦门，然而文昌鱼的分类学问题还没有真正地解决，由于物种鉴定上的不正确,常影响到研究结果的可靠性。本项目对厦门产文昌鱼进行了分子遗传标记和形态分类学研究，发现厦门产鳃口文昌鱼属有2个不同的物种，进而测定了这2种文昌鱼的线粒体DNA全序列，通过对采自中国沿海不同地区文昌鱼标本的DNA序列和微卫星DNA多态性分析，发现原来的白氏文昌鱼青岛亚种与厦门产文昌鱼中的1种属同一物种，在分类学文献研究基础上将二者的种名更正为Branchiostoma japonicum，该种文昌鱼分布于厦门及以北海域，包括日本的文昌鱼，而另一种白氏文昌鱼Branchiostoma belcheri则厦门及以献海域，据此我们设计了一套PCR鉴别引物，可用于两种文昌鱼的准确鉴定。此外，还建立了两种文昌鱼线粒体DNA文库，用微卫星DNA分子标记对中国沿海文昌鱼遗传多样性进行了研究；研究了文昌鱼的Pax、BMP和ABCA等基因或基因家族的功能和进化；在文昌鱼人实验室工繁殖方面取得重要突破，首次获得人工繁殖的子二代文昌鱼。