堆肥是实现养猪业与环境协调发展的有效途径之一，堆肥的实质是微生物的代谢作用。本课题组在前期的研究中发现，梭菌属和芽孢杆菌属细菌是猪场废弃物堆肥中的优势菌群。本项目拟将PCR-DGGE技术与传统分离培养方法相结合，进一步在种和属的水平上研究梭菌属和芽孢杆菌属细菌在堆肥过程中的动态变化、种群结构和多样性差异；利用FISH技术和荧光定量PCR技术对其进行原位空间分布研究及快速定量分析；采用生理生化鉴定与16S rRNA及16S rRNA～23S rRNA基因间隔区序列分析技术对分离培养的细菌进行特异性菌种鉴定；并将效应菌株接种原始堆肥试验，探讨优势菌在堆肥中发挥的作用。通过本项目的实施，将有助于深入认识堆肥过程中重要菌群的变化和演替规律，揭示微生物的原位生理特性和功能，推动高效堆肥菌剂的研制，对指导微生物群落功能的定向调控，进一步提高堆肥效率具有重要的理论和实用意义。

利用强制通风静态仓堆肥系统进行了堆肥试验，将PCR-DGGE技术与传统分离培养方法相结合，进一步在种和属的水平上研究了梭菌属和芽孢杆菌属细菌在堆肥过程中的动态变化、种群结构和多样性差异；利用FISH 技术和荧光定量PCR 技术对其进行原位空间分布研究及快速定量分析；采用生理生化鉴定与16S rRNA 序列分析技术对分离培养的细菌进行特异性菌种鉴定；并将效应菌株接种原始堆肥试验，探讨优势菌在堆肥中发挥的作用。结果发现,从猪粪堆肥过程中不同时期、不同高度层堆肥样品中分离得到了540株芽孢杆菌，分别为8种不同的芽孢杆菌。可培养的芽孢杆菌属细菌存在着丰富的多样性和明显的时空分布特性。PCR-DGGE分析结果显示，高温期样品中芽孢杆菌属细菌的多样性相对更丰富，梭菌属种群结构变化不明显。堆肥过程中大部分都是未能培养的芽孢杆菌和梭菌。FISH分析结果显示，总细菌、芽孢杆菌属、梭菌属的时间分布特征是细菌数随着温度的升高而增加，随着温度的下降而减少。而降解有机物质分析发现，巨大芽孢杆菌的纤维素酶、淀粉酶、蛋白酶活性较高，且与其它菌株不共生，将其接种原始堆肥，发现其能缩短堆肥周期，对堆肥有明显的促进作用。