柞蚕是我国的特色产业，蚕茧年产量已达7万吨，占世界产量的90%。现有的120多个柞蚕品种资源是我国柞蚕产业发展的基础，但是，这些多样性品种的遗传与进化基础仍不清楚，造成没有足够依据对现有品种资源进行合理的使用、保护和开发。项目将以建成的柞蚕品种资源库为基础，利用先进的基因组学技术与生物信息学方法，以mtDNA控制区为靶标，进行柞蚕的遗传多样性与系统进化研究。将测定库存全部柞蚕品种的mtDNA控制区序列，建立品种序列数据库；解析品种资源的遗传多样性和遗传结构；构建品种间的遗传分化关系，并借助清晰的起源分化历史探讨物种起源与品种分化的关系。研究结果将首次在DNA序列水平上明确柞蚕品种资源多样性的遗传与进化基础，可以为柞蚕品种资源的保存、利用及开发提供理论依据，同时为研究家养动物品种多样性的形成过程提供有益的补充。

项目主要以mtDNA控制区为靶标研究柞蚕品种资源的遗传与进化基础。结果：1.基于文献学重建了放养型柞蚕的起源与传播，提出了柞蚕仅经历一次地理驯化事件的观点。2.比较了野生型与放养型柞蚕线粒体基因组，二者仅有1.70%的序列差异，最大差别在于控制区中串联重复单元数目不同，估算的分歧时间为0.74-0.97 MYA。3.四个品种控制区序列的测定，发现品种内个体间高度一致。4.测定了88个品种的控制区和COI序列，从1213 bp的序列中仅发现23个变异位点，鉴定21个单倍型，最多的一个单倍型有50个品种共享；揭示了柞蚕的中等程度单倍型多样性（0.66）和低核苷酸多样性（0.0023），以及极小的单倍型间遗传差异（0.003）；数据支持放养型柞蚕的单母系起源，并经历了一个近期的种群扩张。5.放养型与野生型柞蚕ITS2序列的长度高度一致，遗传差异也极小（0.007），进一步确认了野生型柞蚕的分类学地位。6.RAPD分析揭示60%的遗传多样性存在于品种内。项目首次明确了柞蚕在mtDNA水平上的低遗传多样性。有必要开发柞蚕SSR标记，以从核DNA水平上进一步研究柞蚕遗传多样性与品种分化关系。