在药性理论研究基础上，综合利用复杂系统建模技术、基于模型的推理技术与数据挖掘技术，将以三阴三阳系统为基础的藏象理论作为中医理论对人体功能系统所建立的基本模型，以药性作为模型的输入，以功效作为模型的输出，构建融合不同药性内容的复杂系统模型，并结合中药饮片药性与功效数据的记载对模型进行修正与完善，建立药性理论的复杂系统模型。利用基于模型的推理技术研究药性组合模式及其与功效的内在联系，结合系统生物学的最新成果研究药性组合模式的作用机理，为阐明药性的理论依据与科学内涵提供新的思路，对揭示药性理论处理复杂性问题时以简驭繁的理论建构方式、阐明实际存在的药性组合模式的理论基础与科学依据具有重要意义，研究成果将使药性理论描述与中医理论和现代生物学成果结合，发扬药性理论的整体性特色，增强药性理论对现代研究成果的包容能力。研究成果将为中药理论创新和新药创制提供强有力的理论工具。

本项目研究成果可归纳为：（1）综合利用复杂系统建模技术、定性推理技术与数据挖掘技术，以三阴三阳藏象思维模型为背景，以药性作为模型的输入，以功效作为模型的输出，结合中药饮片药性与功效数据的记载建立了药性理论的复杂系统模型；（2）提出药性组合概念,构建中药药性与功效数据库，发现了药性组合与功效、病机的关系；(3)提出了药性组合模式的概念，系统研究了药性组合模式与功效之间的关系，建立基于药性组合模式的方剂配伍规律发现技术；（4）构建了药性、药性组合分子网络，揭示了药性、药性组合相关靶点，在一定程度上解释药性的作用机理，为利用药性理论指导现代中药的研究开发奠定理论基础。（5）基于所发现的药性组合模式设计复方药物，并通过药效学实验验证了基于药性组合模式进行药物设计的可行性，为中药药性理论创新和新药创制提供了具有中医药特点的理论、技术与工具。