利用棉花黄萎病菌悬浮液接种海岛棉抗病品种、陆地棉抗病品种和陆地棉感病品种，诱导棉花抗黄萎病基因表达；以不接种病菌为对照，采用cDNA-AFLP技术筛选黄萎病菌诱导下棉花抗黄萎病相关基因表达差异带。通过回收特异性带、克隆并进行序列分析；以差异片段进行Northern 杂交，分析棉花不同种、不同品种及器官特异性表达；分析棉花在黄萎病菌胁迫下抗黄萎病相关基因表达规律；为阐明棉花抗黄萎病的分子生物学机制提供理论依据，为进一步克隆棉花抗黄萎病基因进行棉花基因工程育种提供分子基础。

为了全面地获得黄萎病菌诱导下棉花抗病相关基因表达差异信息，本研究建立了适合棉花不同组织RNA提取的方法和cDNA-AFLP反应体系。利用cDNA-AFLP技术分析棉花抗黄萎病相关基因的差异表达，筛选海岛棉抗病品种、陆地棉抗病品种、陆地棉感病品种不同时间抗病相关基因，共获得158个差异片段，39个片段被克隆测序。NCBI-BLAST表明，PR18基因编码的蛋白属于丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，该部分氨基酸序列与拟南芥、水稻、小麦、芸苔的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶具有较高的同源性，PR8可能为编码受体凝集素蛋白激酶的基因片段，属丝氨酸/苏氨酸激酶。以黄萎病菌诱导下差异表达的棉花抗病相关基因片段PR8为探针，利用杂交方法，对抗病海岛棉品种Pima90-53 BAC文库进行了筛选,构建了含有该基因片段的亚克隆文库。我们采用抑制差减杂交技术，构建了陆地棉抗病品种冀棉20经黄萎病菌诱导8 h、12 h、24 h、48 h后的混合SSH文库，共包含800个阳性克隆。采用电子克隆和RACE技术，克隆了4个抗黄萎病相关基因，并在原核生物中进行了表达分析，其中3个基因均已注册。本研究共发表论文5篇，培养研究生6名。