中国拥有许多类型的、多用途的地方鸡品种，由于环境条件相差极大，因而地方品种呈现出许多表型差异。调查本地区地方品种遗传资源对挖掘和合理开发利用地方品种鸡潜在的优良基因有着十分重要的意义。本项目运用系统随机抽样法，对南疆地区地方鸡进行遗传多样性进行评估，采用限制性片段长度多型性（RFLP）、聚丙烯酰胺垂直凝胶电泳法、血液蛋白和酶的多型性、微卫星DNA变异等手段从分子水平分析基因多态性；并通过聚类分析法对南疆地区地方品种（天山山脉南端）群体的遗传结构进行分析。以此来了解南疆地方品种（天山山脉南端）间的亲缘关系，从而为南疆土鸡的合理开发利用和挖掘优良基因提供科学的理论依据。

本项目对新疆天山南麓土鸡资源进行地毯式的普查，最终确定和静、拜城、阿合奇和帕米尔高原的塔什库尔干偏远山区遗留未被杂化土鸡资源。对该地区鸡资源进行了全价日粮及环境控制条件下进行了外貌体征测定、生长发育、500日龄产蛋性能、繁殖性能和150日龄屠宰性能进行了分析研究，结果拜城油鸡和阿合奇家鸡外貌特征比较接近，和静家鸡和塔什库尔干家鸡各具独特性。四个家鸡产蛋性能差异极显著，孵化率无差异，体重差异极显著，肢长差异极显著，胸宽差异显著，胸骨长差异不大，体斜长差异显著。同时对拜城油鸡舍饲条件下的生产性能进行了比较系统的研究，填补了空白。利用20个微卫星(STR)分型技术对新疆天山山脉南段和静 、拜城、阿合奇和帕米尔高原的塔什库尔干家鸡的203个样本进行检测分析。多态信息指数（PIC）为0.487-0.920，平均值0.723，表示20个微卫星座位的多态性都较高。四个品种的多态信息指数表明四个群体内部的多态性均较高。四个群体之间比较，拜城油鸡和阿合奇鸡的平均PIC和平均I值都显著高于塔什库尔干鸡，塔什库尔干鸡的杂合度和多态性最低。运用Nei氏遗传距离构建的UPGMA系统聚类图显示，塔什库尔干鸡属于一个单独的分支，塔什库尔干鸡与其他群体的遗传距离都较远，与其他群体的遗传一致度较低。鸡的脑垂体激素催乳素（PRL）在很多方面发挥作用，包括促进生长、行为以及排卵活动。本研究探索了PRL启动子中的一个24bp插入缺失突变在南疆昆仑山脉四个地域分布的阿合奇鸡、拜城油鸡、和静鸡和塔什库尔干鸡中的多态性及其与产蛋性能之间的联系。我们的结果得到，在新疆昆仑山脉分布的这四个地方鸡的500日龄产蛋数量之间有显著差异，阿合奇鸡产蛋性能显著高于其他鸡。DD型和ID型为四个地方鸡中的主要基因型。在阿合奇鸡中ID型的500日龄产蛋量高于DD型，为158比150,但二者之间差异不显著（P＝0.1690）。在其他鸡中DD和ID型产蛋数较为接近。