鲢、鳙、草鱼是我国国鱼、世界性重要养殖鱼类，团头鲂是优良草食性鱼类。为评估栖息环境变迁、人工养殖活动等对这些鱼类遗传资源的影响，本项目：（1）利用DNA分子标记、线粒体DNA序列分析、免疫相关基因MHC测定，比较我国鲢、鳙、草鱼土著群体和移居欧、美、日约50年的群体的遗传多样性现状。从生物地理学和生态遗传学等方面，揭示它们在地域和时间跨度上的遗传变迁规律，建立鲢、鳙、草鱼遗传多样性的数据库，提出鱼

(1) 首次测定了鲢、鳙、草鱼的线粒体DNA全序列，补充完善了团头鲂的线粒体DNA全序列，提供分子遗传学证据支持鲢和鳙划为一个属（鲢属）, 草鱼应属雅罗鱼亚科而非鲤亚科。（2）揭示鲢、鳙、草鱼的长江群体是最原始的群体，其它水系群体均由长江群体演化或迁移过去的。这三种鱼国内土著群体的遗传变异仍高于国外移居群体。移居群体遗传多样性较低主要系瓶颈效应所致， 不过已在新环境里有所适应性进化。（3）揭示了团头鲂天然群体-驯养群体-遗传改良群体的遗传多样性的变迁趋势与程度, 人为干预、 特别是科学的多代选育，可从不同方向和不同路径上改变鱼类群体遗传结构，对鱼类的遗传变异产生显著的驱动效应。（4）发现长江流域鲢、鳙2008年样本鱼较上世纪60年代鱼的生长速度趋慢，形态特征也出现了一些变化的现象，推测生境的巨大而且深刻的变迁是造成如此迅速变化的主要原因。（5）观察到在密西西比河流域鲢、鳙、草鱼天然资源爆发性增长和鲢与鳙杂交的普遍现象，而在我国各流域则未发现有此自然杂交现象。（6）初步探讨了鲢、鳙、草鱼入侵适应性进化模式，为深入研究这些鱼类生物多样多样性的演变奠定了基础。