河南林州是世界上食管和贲门癌发病率和死亡率最高的地区。本项目组95年至今在该地区建立现场研究基地进行人群普查和随访，发现该地区同一个体，同时发生食管鳞状细胞癌和贲门腺癌（简称食管/贲门双源癌）的患者并非罕见（2.5-5%），并已积累临床资料齐全的100例食管/贲门双源癌组织标本。双源癌发生在同一个体，遗传背景和环境因素相似，对比分析食管/贲门双源癌患者食管癌和贲门癌甲基化差异对阐明环境和遗传因素对食管和贲门癌发生的影响具有重要意义。因此，本项目一改以往孤立的从单发食管和贲门癌进行癌变机理研究的思路，采用美国Operon公司DNA甲基化芯片（含1万个基因），检测河南林州地区同一个体食管/贲门双源癌患者外周血和组织中DNA甲基化差异，初步确定食管/贲门双源癌甲基化谱，并与同一地区不同个体单发食管癌和单发贲门癌甲基化谱进行对比分析，为进一步建立高危人群筛查和早期诊断的甲基化标志物奠定基础。

本项目实施3年，超额完成申请书各项研究计划：新增551例食管/贲门双源癌临床信息及生物样品（原计划200例），已达1106例；完成625例患者5年生存随访（原计划400例）；完成60对食管/贲门双源癌患者甲基化芯片（Human Methylation 450K）检测和40例全基因组甲基化测序。研究发现：1.双源癌患者5年生存率明显低于单发食管癌（P < 0.05，HR=1.976，95%CI=1.344-2.904）和单发贲门癌（P < 0.05，HR=2.652，95%CI=1.501-4.687），性别、淋巴结转移和家族史是影响双源癌预后的独立因素；2.利用全基因组甲基化测序共得到77个可能和双源癌变相关的甲基化位点，其中4个位于启动子区（P <0.001）。一、本项目预定研究内容：1、双源癌标本库扩充和完善，包括：(1)新收集200例食管/贲门双源癌患者临床信息及生物样品；(2)成功随访400例双源癌患者。2、甲基化检测：完成60对食管/贲门双源癌和正常对照人群DNA甲基化芯片检测。二、本项目研究目标:1、扩充、完善食管/贲门双源癌患者临床信息及生物样品资料库；2、甄别食管/贲门双源癌变关键甲基化位点，为进一步建立高危人群筛查和早期诊断的甲基化标志物奠定基础。三、项目执行完成情况： 1、双源癌标本库建设和完善：(1) 食管/贲门双源癌患者临床信息和生物样品由551例增至1106例（新增565例，计划200例）；(2) 完成食管/贲门双源癌患者随访625例，超过原计划的400例。2、甲基化检测：使用Human Methylation 450K甲基化芯片（包含大于45万个甲基化位点）检测60对食管/贲门双源癌患者及正常对照人群外周血DNA甲基化位点，找到14个与双源癌变相关的甲基化位点（P < 0.05），且该14个位点包含在全基因组甲基化测序找到的77个双源癌变相关甲基化位点里面；采用全基因组甲基化测序技术对20例双源癌和20例正常人群外周血DNA进行测序，找到77个可能和双源癌变高度相关的甲基化位点，其中4个位于启动子区（P < 0.001），他们分别为：Chr15:75720845，Chr6:108989248，Chr6:108989257，ChrX:84076055。