在居群水平上，对cpDNA trnL-F、mtDNA nad1 和nrDNA 2009三个基因片段进行测序和分析，开展须弥红豆杉的谱系地理学研究。利用Arlequin、DnaSP等软件对单倍型进行谱系分析和NCA分析，构建谱系树，揭示现代居群的地理分布式样和谱系关系，并结合古植物区系、古地理和古气候变迁等来探讨须弥红豆杉居群的分化历史和迁移路线，推断其可能存在的冰期避难所，探讨喜马拉雅隆升对其遗传结构和遗传分化的影响；用Arlequin、Popgene、Amova等软件进行遗传学分析，了解须弥红豆杉的遗传变异、遗传分化与基因流大小，探讨遗传分化与基因流间的关系，并结合须弥红豆杉的生物学特性（如繁育系统、传粉、种子散布等因素）和地质历史事件，探讨影响基因流的主要因素，以及须弥红豆杉的遗传变异和遗传结构的格局及其成因。

利用叶绿体基因序列和SSR分子标记开展了须弥红豆杉的谱系地理学研究。通过对须弥红豆杉43个居群815个的叶绿体trnL-F片段进行测序与分析，共鉴定出29种叶绿体单倍型，谱系分析表明，须弥红豆杉的单倍型具有显著的生物地理结构(NST = 0.768, GST = 0.469, P < 0.01)。Network分析表明，29种叶绿体单倍型形成横断山和东喜马拉雅2个谱系，两个谱系分化的时间约为3.41-7.61Ma，与青藏高原的快速隆升密切相关。对单倍型的失配分析表明，横断山地区分布的居群在末世冰期后经历过快速扩张和奠基者效应；而东喜马拉雅地区分布的居群可能受第四纪的冰期和间冰的反复作用，经历过多次收缩和扩张过程形成，可能存在多个不同的避难所。基于对须弥红豆杉43个居群815个个体的9对SSR分子标记的群体遗传学分析表明，须弥红豆杉在物种水平上具有较高的遗传多样性，居群间的遗传分化明显（Fst=0.217, p<0.001）。怒山山脉形成了2个谱系的天然屏障，阻碍了两个谱系间的基因流。综合本项目的研究结果，提出就地保护应该作为须弥红豆杉的优先保护策略，迁地保护可作为就地保护的有效补充。