种质资源的遗传多样性是影响中药材质量的根本内在机理，是药材质量形成的关键和源头，种质资源是中药材优良品种选育和品种纯化的物质基础。本项目以常用大宗中药材北柴胡为研究对象，针对其栽培农家类型种质混杂，药材质量良莠不齐，已严重影响到临床用药准确性的问题，在广泛收集种质资源基础上，采用更准确可靠的DNA分子标记技术AFLP方法，结合大田栽培试验手段，研究其种质资源的遗传特性，分析各种质间的亲缘关系，阐明药材质量与种质遗传特征的关系，探索优良目标性状的遗传稳定性，明确优良种质类型的遗传、性状及质量特征。研究结果不仅可为柴胡的优良品种选育与品种纯化和规范化种植提供理论依据，而且在提供北柴胡植物种下分类等级处理信息、探索其种内变异类型与式样方面具有重要的学术价值。

本项目以常用大宗中药材北柴胡为研究对象，针对柴胡分布广泛且种植时普遍存在相互引种从而带来药材质量状况不明确、以及遗传背景不清楚等问题，采用化学与遗传分析手段结合引种栽培试验，系统全面分析评价了我国北柴胡药材的种质资源，结果表明：北柴胡与近缘种红柴胡药材在化学上有明显差异，且脂溶性成分的差异大于水溶性成分,在遗传学上两者也可明显区分；北柴胡种内不同产地、或野生品与栽培品间药材的化学一致性较高，药材质量均一性较好，以柴胡皂苷含量为指标，筛选出一批高含量北柴胡种质资源，北柴胡的遗传多样性程度高，为北柴胡具有广泛分布特性提供了遗传分子证据，主要产区省的柴胡种质通过AFLP分子标记技术可以明显分开，且能辨识不明身份种子的来源；异地引种栽培对北柴胡药材化学成分的种类影响不大，两地间的相对纬度和海拔通过影响生育期进而影响北柴胡根的重量及种子成熟度，与柴胡皂苷含量呈相关性的根粗细及分支多少等性状不是可稳定遗传的。本研究结果明确了柴胡药材的质量现状，获得了柴胡的遗传基础信息，初步探明了引种栽培对柴胡的影响规律，为北柴胡的临床应用与科学生产提供了研究基础和指导，也为同类研究项目提供了有效的思路和方法。