本课题以核酸数据库公布的Hsp60、pheS基因序列为基础，运用生物信息学手段对其进行比对分析，结合我国传统发酵乳中乳酸菌多样性找出乳酸菌Hsp60、pheS基因多变区，以此为根据设计Hsp60、pheS基因通用引物。以分离自青藏高原地区自然发酵乳制品中的342株乳酸菌为研究对象，在国内首次利用Hsp60、pheS基因与RFLP、DGGE结合的技术进行基因多样性研究。通过优化DGGE以及RFLP标记的检测方法和条件，建立并完善适合于乳酸菌分类鉴定的Hsp60/pheS-RFLP/DGGE标记技术，与16S rDNA、传统分类方法比较，并分析其用于乳酸菌分类鉴定研究的可靠性和可行性。本研究旨在发掘新的乳酸菌菌种，同时完成从分子生物学的角度对乳酸菌分类鉴定进行更深层次的研究，从而在分子水平上建立一套快速、合理、准确的乳酸菌分类和鉴定技术与平台。完善我国传统发酵乳制品中乳酸菌的基因数据。

本课题以核酸数据库公布的Hsp60、pheS和tuf基因序列为基础，运用生物信息学手段对其进行比对分析，结合我国传统发酵乳中乳酸菌多样性找出了乳酸菌Hsp60、pheS和tuf基因多变区，以此为根据设计了Hsp60、pheS和tuf基因通用引物。以分离自青藏高原地区和部分少数民族地区自然发酵乳制品中的342株乳酸菌为研究对象，在国内首次利用Hsp60、pheS和tuf基因与RFLP、DGGE结合的技术进行了基因多样性研究，将342株乳杆菌准确的鉴定为L. plantrum（124株），L. casei（105株）和L. helveticus（113株）。通过优化DGGE以及RFLP标记的检测方法和条件，建立并完善了适合于乳酸菌分类鉴定的Hsp60/pheS-RFLP/DGGE标记技术，并与16S rDNA、传统分类方法比较后表明，tuf/Hsp60-RFLP和Hsp60/pheS-DGGE是一种快速、可靠乳酸菌分类鉴定方法。本研究从分子生物学的角度对乳酸菌分类鉴定进行深入层次的研究，从而在分子水平上建立了一套快速、合理、准确的乳酸菌分类和鉴定技术与平台。