自上个世纪后期以来，多个经蜱传播的病原体相继被发现，蜱媒自然疫源性疾病已成为一个世界性的公共卫生问题。我们在国家自然科学基金的支持下从蜱标本中分离获得一种新的病原体-玫瑰单胞菌，并证明其致病性，进一步提示蜱中有大量病原体仍不为我们所知。因此，如何搞清我国蜱传病原体、尤其是新发病原体的种类、基因特征，可为有针对性地防治蜱媒自然疫源性疾病提供科学借鉴。本研究综合应用16S/18S rDNA通用引物扩增-高通量克隆测序技术及PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术，探讨重点疫区内蜱携带细菌性病原体的多样性及病原体复合感染的流行特征，研究结果预期建立我国重点疫区内蜱携带细菌性病原体的16SrDNA PCR-DGGE标准比对库，为进行蜱媒病原体的检测和新蜱媒传染病的发现提供有价值的技术手段；并初步掌握我国蜱传细菌性病原谱及其在重点疫区分布的流行病学特征，为我国蜱媒传染病的有效预防提供科学依据。

研究在三个蜱媒传染病重点疫区进行现场调查，首先采用16s RNA基因文库的方法，对从新疆维吾尔族自治区采集的银盾革蜱进行了携带微生物的初步调查，结果发现银盾革蜱中携带两种斑点热立克次体群微生物，分别与Rickettsia raoultii 和 Rickettsia slovaca最为接近。利用Small RNA的深度测序数据，探索了一条能够在一次测序数据中同时筛检真核性病原、原核性病原和病毒性病原的路径，并利用长角血蜱的Small RNA测序数据，对测得的数据序列进行了生物信息学的分析，预测了斑点热立克次体、柯克斯氏体在北京地区采集的蜱中存在。在新布尼亚病毒感染的高发地河南信阳地区进行了长角血蜱的高通量测序分许，结果显示，该地区的长角血蜱携带Anaplasma、Babesia、Coxiella、Rickettsia、SFTSV等多种病原体。研究建立了我国银盾革蜱和长角血蜱携带病原体多样性的数据库，并发现嗜吞噬细胞无形体与巴贝西原虫等多种病原体之间的复合感染。通过高通量测序与常规监测相结合的方式，发现了长角血蜱中携带的一种新立克次体。此外，建立已知重要蜱媒传染病病原体检测技术方法的集成和整合，在已有蜱媒传染病病原学筛查能力的基础上，达到高通量、高灵敏度的组合技术检测平台和分析策略，可为自然疫源地新发传染病的预警和溯源提供行之有效的新途径。研究结果可为我国重点疫区蜱媒传染病的有效预防提供科学依据。本项研究在Emerg Infect Dis, Appl Environ Microbiol 等杂志共发表相关SCI论文5篇，影响因子总计23分，修回SCI论文1篇。培养博士研究生一名，硕士研究生一名，主要研究进展被邀请在第三届国际蚊虫及蚊媒病监测和防治学术研讨会做大会汇报。