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三位学术大咖打造全新“DNA显微镜”

  传统上,科学家们使用光、X射线和电子来观察组织和细胞的内部。如今,科学家们能够在整个大脑中追踪线状的神经纤维,甚至可以观察活的小鼠胚胎如何产生原始心脏中的跳动细胞。但是这些显微镜无法看到的是:细胞在基因组水平上发生了什么。

  显微镜再次被改造!

  细胞和组织中分子的空间结构分析是生物学研究和临床实践的基础。传统上,研究人员会使用光学显微镜、X射线或电子显微镜来观察,而且这些技术还可以在整个大脑中追踪类似线状的神经纤维,甚至可以观察活体小鼠胚胎产生驱动心跳的细胞。

  但有一件事是上述显微技术无法捕捉到的,即细胞在基因组水平上发生了什么。

  近日,来自美国霍华德休斯医学研究所(HHMI)的生物物理学家Joshua Weinstein、计算生物学家Aviv Regev,以及2018年入选HHMI的新研究员、分子生物学家张锋发明了一种非传统的成像方法,称为“DNA显微镜”。它可以实现这一点。该团队使用DNA标签来帮助确定样本中分子的相对位置,而不是依赖于光或任何一种光学仪器。这项新技术未来可以让科学家们加快免疫疗法的发展,帮助患者的免疫系统与癌症作斗争。该研究近日已发表在《Cell》上。

  图片来自Cell, 2019, doi:10.1016/j.cell.2019.05.019

  Weinstein说,通过使用DNA显微镜,这些研究人员能够构建细胞图像,同时获得大量的基因组信息。“这为我们提供了另一层我们无法观察到的生物学。”

  Regev说,“这是一种全新的显微镜类别。这不仅仅是一种新技术,而是一种我们以前从未考虑过要做的事情。

  使用DNA显微镜(下图),科学家们可以准确地重建用荧光显微镜捕获的细胞图像(上图)。图片来源:Cell

  到目前为止,显微技术主要分为两大类。一种是基于光学。光学显微镜可以追溯到17世纪,它依靠可见光来照射样本。电子显微镜、荧光显微镜、薄层显微镜等,都是基于样品发射光子或电子的原理。

  第二种是基于由显微镜定义位置的解剖样本。然后,计算机程序将每个解剖的片段拼接成完整样本的图片。光学成像可以提供亚细胞结构和作用的复杂图像。基于解剖的显微镜可以为科学家提供遗传信息。

  Weinstein和他在麻省理工学院的同事们想要创造一种一劳永逸的方法,即拍摄细胞位置的快照,并拼出驱动它的特定基因序列。

  这对研究遗传多样性细胞的科学家来说非常重要。Weinstein说:”免疫系统就是一个完美的例子。免疫细胞基因可以变化为单个DNA字母,每种变异都可以引发细胞产生的抗体类型发生显著变化。当细胞位于组织内时,也可以改变抗体的产生。如果你只关注其中一个,那么你只看到了部分画面。”

  Regev说,捕捉如此完整的细胞图像并不需要昂贵的显微镜或其他昂贵的设备。你只需要一个样本和一个移液器。

  Weinstein说:“把每一个分子想象成一个向外发射自己信号的无线电发射塔。”

  最终,被标记的分子与其他被标记的分子发生碰撞,迫使它们成对地连接在一起。彼此靠近的分子更容易发生碰撞,产生更多的DNA对。离得越远的分子生成的对就越少。

  DNA测序仪会拼出样品中每个分子的字母,但这需要长达30个小时。于是,研究团队发明了一种算法以解码数据,并将原始数据转换成图像。

  Weinstein说:“你基本上能重建你在光学显微镜下看到的东西。这两种方法是互补的。即使分子在样本中是稀疏的,光学显微镜也能很好地观察它们,而当分子致密,甚至彼此堆积时,DNA显微镜就会表现得更好。”

  通过DNA显微镜提供样品中细胞群数据的可视化。图片来源:Weinstein等/Cell

  科学家们认为,DNA显微镜有一天可以让科学家们加快免疫疗法的发展,帮助患者的免疫系统与癌症作斗争。

  张锋说:“每个细胞都有一个独特的DNA字母或基因型组成。通过直接从正在被研究的分子中捕获信息,DNA显微镜开辟了一条将基因型与表型联系起来的新途径。”

  Regev补充说:“这种显微镜的可能性是非常大的。我们希望它能激发人们的想象力,从我们从未想过的伟大想法中得到启发。”

  原始出处:Joshua A. Weinstein et al. DNA microscopy: Optics-free spatio-genetic imaging by a stand-alone chemical reaction. Cell, 2019, doi:10.1016/j.cell.2019.05.019.

分类标签:医学科学  DNA显微镜  

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